合作方单独出资，另一方写了欠条的情况下，合作协议是否有效，需分情况讨论：
若合作协议内容合法且双方真实意思表示：
- 合作协议本身，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，那么该合作协议就是有效的。单独出资和写欠条的行为，并不直接决定合作协议的效力。出资是合作的一种方式，而欠条可能是对某种债务或权益的确认，它们与合作协议的效力无直接关联，除非欠条内容本身违法或存在欺诈、胁迫等情形。
若欠条内容与合作协议相冲突或存在违法情形：
- 如果欠条的内容与合作协议中的条款存在明显冲突，或者欠条本身涉及非法活动（如赌博债务、高利贷等），那么这可能会影响到合作协议中相关条款的效力，甚至可能导致整个合作协议被认定为无效。在这种情况下，需要仔细审查欠条的具体内容，以及它与合作协议之间的关系，来确定合作协议的最终效力。
若写欠条行为构成对合作协议的变更或补充：
- 如果双方在写欠条时，明确表示该欠条是对合作协议的某种变更或补充，并且这种变更或补充是合法且双方真实意思的表示，那么该欠条的内容将构成合作协议的一部分，对双方具有约束力。但同样，这种变更或补充也不能违反法律、行政法规的强制性规定。
法律建议：
- 在签订合作协议时，应明确各方的出资方式、出资比例、权益分配等关键条款，以避免后续产生纠纷。
- 如果一方单独出资，另一方写欠条，建议双方在欠条中明确该欠条的性质、目的以及与合作协议的关系，以防止未来出现理解上的分歧。
- 如果对合作协议或欠条的效力存在疑问，或者双方因此产生了纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。
可能法律后果：
- 如果合作协议被认定为有效，双方应按照协议约定履行各自的义务，否则可能面临违约责任。
- 如果合作协议被认定为无效或部分无效，双方可能需要根据实际情况重新协商或通过法律途径解决纠纷，这可能会耗费双方大量的时间和精力。
总之，合作协议的效力取决于其内容是否合法、双方是否真实意思表示以及是否存在其他影响效力的因素。在处理此类问题时，建议谨慎对待并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。