结论前置：在有限公司章程没有特别约定的情况下，公司利润的计算和分配主要依据《中华人民共和国公司法》的相关规定进行。

具体分析：

1. 利润计算原则：

   • 公司的利润计算首先遵循会计准则，即根据公司的收入、成本、费用等财务数据，按照国家统一的会计制度进行核算，得出税前利润。
   • 税前利润在扣除所得税等税费后，得到税后利润，也就是公司可供分配的利润。

2. 利润分配顺序：

   • 根据《公司法》的规定，公司税后利润在提取法定公积金（通常为税后利润的10%，当法定公积金累计额达到公司注册资本的50%以上时，可以不再提取）后，方可向股东分配。
   • 如果公司章程没有特别约定利润分配的比例或方式，那么剩余的税后利润通常按照股东的实缴出资比例进行分配。这意味着，股东按照其实际投入公司的资本比例分享公司的利润。

3. 特殊情况下的利润分配：

   • 如果公司存在未弥补的亏损，那么应当先用当年利润弥补亏损，再进行利润分配。
   • 在某些情况下，如公司为了扩大生产规模、进行技术改造等，可能需要保留一部分利润作为发展资金，而不进行全额分配。这种情况下，虽然章程没有特别约定，但通常会在股东会或董事会的决议中体现。

4. 股东权利与义务：

   • 股东有权按照其出资比例分享公司的利润，但同时也需要承担公司亏损的风险。
   • 如果股东对利润分配有异议，可以通过股东会或董事会进行协商，或者依据《公司法》和公司章程的规定寻求法律救济。

建议与提醒：

• 为了避免因利润分配问题引发的纠纷，建议公司在制定章程时明确利润分配的原则、方式和比例。
• 如果公司章程没有特别约定，股东之间应当加强沟通，确保利润分配的公平性和合理性。
• 在进行利润分配时，公司应当遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保分配的合法性和合规性。

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