预算编制费由中标单位支付是否合法，需结合具体合同条款、招投标文件以及相关法律法规进行综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先

在招投标及合同签订过程中，双方（招标方与中标方）有权就费用承担问题进行明确约定。若合同或招投标文件中明确规定预算编制费由中标单位承担，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则中标单位支付预算编制费是合法的。这种情况下，双方应遵守合同约定，中标单位需按照约定履行支付义务。

2. 法律法规的考量

• 《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：该法主要规范了招标投标活动的程序和要求，但并未直接规定预算编制费的承担问题。因此，预算编制费的承担更多依赖于合同约定或行业惯例。
• 《中华人民共和国民法典》合同编：根据民法典的相关规定，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则，按照约定履行自己的义务。若合同中对预算编制费的承担有明确约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则双方应遵守该约定。

3. 行业惯例与公平性

• 行业惯例：在某些行业或地区，可能存在预算编制费由中标单位承担的惯例。然而，惯例并非法律，其适用性需结合具体情况和合同约定进行判断。
• 公平性：从公平性的角度出发，预算编制费通常与项目的规模、复杂程度等密切相关。若要求中标单位承担全部或部分预算编制费，需考虑该费用是否合理反映了中标单位因项目而获得的利益，以及是否对中标单位造成了不公平的负担。

4. 实际操作建议

• 审查合同条款：在签订合同前，中标单位应仔细审查合同条款，特别是关于费用承担的部分，确保自身权益不受损害。
• 协商与谈判：若对合同条款或预算编制费的承担有异议，中标单位可与招标方进行协商和谈判，寻求双方都能接受的解决方案。
• 法律咨询：在涉及复杂法律问题或争议时，中标单位可寻求专业律师的法律咨询，以确保自身行为的合法性和合规性。

总结来看，预算编制费由中标单位支付是否合法，取决于合同条款、招投标文件以及相关法律法规的规定。在实际操作中，中标单位应仔细审查合同条款，与招标方进行充分沟通，并在必要时寻求专业律师的法律咨询。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。