针对您提出的“交纳项目锁定保证金乙方怎么处理”的问题，这主要涉及到招标投标过程中保证金的交纳、管理与退还等环节。以下是我为您提供的详细解答：

一、保证金交纳

1. 交纳方式：

   • 根据《国家发展改革委等部门关于完善招标投标交易担保制度进一步降低招标投标交易成本的通知》，招标人应当同时接受现金保证金和银行保函等非现金交易担保方式。因此，乙方（投标人）可以选择现金或银行保函等方式交纳项目锁定保证金。

2. 交纳金额与比例：

   • 保证金的金额或比例应在招标文件中明确约定。乙方需按照招标文件的要求，交纳相应金额的保证金。

二、保证金管理

1. 代收代管服务：

   • 招标人、招标代理机构以及其他受委托提供保证金代收代管服务的平台和服务机构，应严格遵守招标投标交易担保规定，确保保证金的合法、安全管理。

2. 严禁变相收取：

   • 严禁巧立名目变相收取没有法律法规依据的保证金或其他费用，以保障乙方的合法权益。

三、保证金退还

1. 退还条件与时间：

   • 招标人、招标代理机构以及其他受委托提供保证金代收代管服务的平台和服务机构，应严格按照法律规定、招标文件和合同中明确约定的保证金收退的具体方式和期限，及时退还保证金。
   • 在您提到的案例中，如果乙方在投标过程中因合理原因（如项目经理冲突、放弃中标资格等）需要退还保证金，且符合招标文件和合同中的退还条件，招标人应当退还保证金。

2. 退还方式：

   • 以现金形式提交保证金的，应当同时退还保证金本金和银行同期存款利息。
   • 如果乙方选择银行保函等非现金方式交纳保证金，退还时通常涉及保函的注销或解除等手续。

四、特殊情况处理

1. 放弃中标资格：

   • 如您所述案例，如果乙方在公示期间明确放弃中标资格，且该放弃行为符合招标文件和合同中的相关规定，同时未给招标人造成重大损失，招标人通常应退还保证金。
   • 但需注意，如果乙方的放弃行为构成违约或给招标人造成损失，招标人可能根据合同约定扣除部分或全部保证金作为赔偿。

2. 历史沉淀保证金清理：

   • 根据通知要求，各地方政府有关部门、各有关单位和企业应定期开展历史沉淀保证金清理工作，确保应退尽退。如果乙方的保证金因各种原因被长期扣留，可参与此类清理行动以维护自身权益。

五、建议与注意事项

1. 仔细阅读招标文件：

   • 乙方在参与招标前，应仔细阅读招标文件，了解保证金的交纳、管理与退还等具体规定。

2. 保留相关证据：

   • 在交纳保证金、参与投标及后续处理过程中，乙方应保留好相关证据（如交纳凭证、招标文件、合同等），以备不时之需。

3. 及时沟通协商：

   • 如遇保证金退还等问题，乙方应及时与招标人沟通协商，寻求合理解决方案。

综上所述，乙方在处理项目锁定保证金时，应严格按照招标文件和合同的规定进行交纳、管理与退还。如遇特殊情况或问题，应及时与招标人沟通协商，并保留好相关证据以维护自身权益。