在职务犯罪案件审查起诉阶段，犯罪嫌疑人将赃款退还人民检察院的流程处理如下：

1. 退赃程序启动

• 主动退赃：犯罪嫌疑人或其辩护人、近亲属可主动联系承办检察官，表达退赃意愿，并提交书面退赃申请。
• 检察官指引：检察官会告知退赃的具体要求，包括退赃金额、方式（如银行转账、现金交付等）及需提交的材料（如退赃凭证、身份证明等）。

2. 赃款接收与登记

• 接收主体：人民检察院财务部门或指定专人负责接收赃款，并出具收款凭证。
• 登记备案：接收后，需在案件卷宗中详细记录退赃情况，包括退赃时间、金额、方式及接收人信息，作为案件证据材料。

3. 赃款处理与用途

• 上缴国库：根据《刑事诉讼法》及相关规定，退还的赃款应依法上缴国库，不得挪作他用。
• 特殊情况处理：若赃款涉及被害人损失，经法院判决后，可依法返还被害人；若涉及其他合法权利人，按相应程序处理。

4. 对案件处理的影响

• 量刑考量：退赃是犯罪嫌疑人认罪悔罪的重要表现，根据《刑法》及相关司法解释，退赃情节可在量刑时予以从轻或减轻处罚。
• 不起诉或缓刑建议：在符合法定条件的情况下，退赃可能成为检察院作出不起诉决定或向法院提出缓刑建议的考量因素。

5. 法律文书与程序

• 退赃笔录：检察官会制作退赃笔录，记录退赃过程及犯罪嫌疑人、接收人的陈述，确保程序合法。
• 法律告知：在退赃过程中，检察官会向犯罪嫌疑人明确告知退赃的法律后果及权利义务，保障其知情权。

6. 后续程序衔接

• 审查起诉继续：退赃不影响审查起诉程序的正常进行，检察院仍需对案件事实、证据进行全面审查。
• 法院审理参考：退赃情况将作为法院审理案件的重要参考，影响最终判决结果。

注意事项：

• 退赃应自愿、合法，不得以退赃为条件要求检察院作出特定处理决定。
• 退赃后，犯罪嫌疑人仍应积极配合调查，如实供述罪行，以争取从宽处理。

如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供专业法律意见。