刑事案件在特定条件下可以分开撤案，但具体能否撤案需根据案件的具体情况和法律规定来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、撤案的基本条件与情形
情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪：
- 如果经过侦查，发现案件事实不构成犯罪，或者虽然构成犯罪但情节显著轻微、危害不大，公安机关或检察机关可以作出不立案或撤销案件的决定。这种情况下，案件可能因不满足犯罪构成要件而整体撤案，若案件涉及多个犯罪事实或行为，且其中部分行为符合此条件，理论上可以对该部分行为单独撤案，但实践中需具体分析。
犯罪已过追诉时效期限：
- 根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，如果犯罪行为已经超过法定的追诉时效期限，则不再追究刑事责任，此时可以撤案。若案件涉及多个犯罪行为，且各行为的追诉时效期限不同，已过追诉时效的行为可以单独撤案。
经特赦令免除刑罚：
- 如果犯罪嫌疑人因特赦令而被免除刑罚，那么相应的刑事案件也可以撤销。若案件涉及多个犯罪行为，且其中部分行为因特赦令而免除刑罚，可以对该部分行为单独撤案。
犯罪嫌疑人、被告人死亡：
- 在刑事诉讼过程中，如果犯罪嫌疑人或被告人死亡，由于无法再对其追究刑事责任，因此案件应当撤销。若案件涉及多个犯罪嫌疑人或被告人，且其中部分人死亡，可以对该部分人涉及的犯罪事实单独撤案。
其他法律规定免予追究刑事责任的情形：
- 如依照刑法告诉才处理的犯罪（如侮辱罪、诽谤罪等），没有告诉或者撤回告诉的；以及犯罪嫌疑人、被告人系精神病人，且在不能辨认或者不能控制自己行为时造成危害结果，不予刑事处罚的等情形，也可以考虑撤案。若案件涉及多个犯罪行为，且其中部分行为符合此条件，可以对该部分行为单独撤案。
二、撤案的程序与主体
公安机关立案后的撤案：
- 公安机关在立案后，如果发现案件符合上述撤案条件之一，可以制作撤销案件报告书，报请县级以上公安机关负责人批准后撤销案件。若案件涉及多个犯罪事实或行为，且其中部分符合撤案条件，公安机关可以对该部分单独制作撤销案件报告书并报请批准。
检察机关立案后的撤案：
- 对于由检察机关直接受理的案件，如果检察机关认为案件不符合起诉条件或者存在其他应当撤销案件的情形，可以决定撤销案件。若案件涉及多个犯罪事实或行为，且检察机关认为其中部分不符合起诉条件，可以对该部分单独决定撤案。
自诉案件的撤案：
- 在自诉案件中，自诉人可以自愿撤回起诉。如果法院经审查认为撤诉符合法律规定，将裁定准许撤诉，并终结诉讼。自诉案件若涉及多个犯罪事实或行为，自诉人可以仅就其中部分事实或行为申请撤诉。
三、撤案的注意事项
撤案决定的合法性：
- 撤案决定必须严格依法作出，确保撤案理由充分、合法。无论是整体撤案还是部分撤案，都必须符合法律规定的撤案条件。
撤案后的处理：
- 撤案后，相关证据材料应当按照规定妥善保管或销毁，确保不泄露国家秘密、商业秘密和个人隐私。对于部分撤案的情况，需特别注意对未撤案部分的证据保护。
被害人权益的保护：
- 在撤案过程中，应充分考虑被害人的合法权益和诉求，确保其知情权、参与权和申诉权得到保障。对于部分撤案的情况，需向被害人明确说明撤案的范围和理由，并告知其相应的救济途径。
总结来看，刑事案件在特定条件下可以分开撤案，但具体能否撤案以及撤案的范围和程序需根据案件的具体情况和法律规定来判断。如果您或您身边的人遇到相关问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律意见和帮助。