手机被暂扣后，在结案时是否会归还，取决于手机被暂扣的性质以及案件的具体情况。以下从不同角度进行分析：
作为证据暂扣：
- 如果手机被暂扣是因为它作为案件的证据，例如包含与案件相关的信息、通讯记录等，那么在案件结案后，且手机不再作为证据需要保留时，通常会归还给原主人。
- 归还的前提是手机未被认定为涉案财物或违法所得。如果手机被认定为涉案财物或违法所得，那么可能不会被直接归还，而是会根据法律规定进行处置，如没收、拍卖等。
作为涉案财物暂扣：
- 如果手机被暂扣是因为它被认定为涉案财物，即与案件有直接关联且可能属于违法所得或用于违法活动的财物，那么在案件结案后，其处置方式将取决于法院的判决或行政机关的决定。
- 如果法院判决或行政机关决定没收该手机，那么手机将不会被归还。如果判决或决定未涉及没收，或者手机被认定为与案件无关的财物，那么在结案后应当归还。
暂扣程序合法性：
- 无论手机被暂扣的性质如何，暂扣程序都必须合法。如果暂扣程序存在违法之处，如未出具合法暂扣手续、未告知暂扣理由等，那么原主人有权要求返还手机，并可能追究相关责任人的法律责任。
法律建议：
- 如果您的手机被暂扣，首先应当了解暂扣的理由和性质。您可以向暂扣机关要求出具暂扣手续，并了解案件的具体情况。
- 如果您认为暂扣程序存在违法之处，或者手机不应当被暂扣，您可以及时咨询专业律师，了解您的权利和救济途径。
- 在案件结案后，如果手机未被归还，您可以向暂扣机关或相关法院、行政机关查询手机的处置情况，并根据情况采取相应的法律措施。
可能的法律后果：
- 如果手机被错误暂扣或未依法归还，原主人可能面临财产损失。同时，暂扣机关或相关责任人可能因违法暂扣或未依法处置财物而承担法律责任。
- 如果手机被认定为涉案财物或违法所得并被没收，原主人将失去对该手机的所有权。
因此，手机被暂扣后是否会在结案时归还，取决于多种因素。如果您面临此类问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询。