核心结论：刑事案件中手机被暂扣三个月，您可先确认暂扣的合法性，若合法则耐心等待案件处理结果；若认为暂扣不合法或存在超期等情况，可通过申请解除扣押、提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等方式维护自身权益。以下是具体分析：

确认暂扣的合法性

在刑事案件中，公安机关、检察机关等有权为了收集证据、查明案件事实等原因，依法对与案件有关的物品进行扣押，手机作为可能存储有与案件相关信息的重要物品，常被作为证据扣押。

• 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十一条规定，在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押；与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。
• 操作流程：执法机关扣押手机时，一般会出具扣押决定书，明确扣押的理由、依据、扣押物品的名称、规格、数量等信息，并由侦查人员、见证人和物品持有人签名或者盖章。如果执法机关没有按照法定程序进行扣押，那么该扣押行为可能存在合法性问题。

若暂扣合法

如果确认手机暂扣是合法的，那么您需要耐心等待案件的处理结果。因为扣押手机是为了保障刑事诉讼的顺利进行，在案件侦查、审查起诉、审判等阶段，手机可能会作为重要证据被使用。

• 侦查阶段：公安机关会对案件进行全面侦查，收集、固定证据，这个过程可能需要一定的时间，一般为二至三个月，特殊情况下可能会延长。在这个阶段，手机会一直处于被扣押状态，以便公安机关随时调取其中的信息进行分析、比对等。
• 审查起诉阶段：侦查终结后，案件会移送检察机关审查起诉，检察机关会对公安机关移送的证据进行审查，决定是否提起公诉。这个阶段一般需要一个月左右，重大、复杂的案件可以延长半个月。在此期间，手机仍可能作为证据被保留。
• 审判阶段：如果检察机关提起公诉，案件会进入审判阶段，法院会对案件进行审理并作出判决。审判阶段的时间根据案件的复杂程度而定，简易程序一般为二十日，普通程序一般为二至三个月，特殊情况还可能延长。在审判结束前，手机一般也会继续被扣押。

若认为暂扣不合法或存在超期等情况

• 申请解除扣押：如果您认为手机与案件无关，或者案件已经处理完毕但手机仍未被返还，您可以向扣押机关提出书面申请，要求解除扣押并返还手机。在申请中，您需要详细说明理由，并提供相关证据证明手机与案件无关或者案件已经处理完毕。
• 提出异议：如果您对扣押机关的扣押行为有异议，认为其违反了法定程序或者侵犯了您的合法权益，您可以向扣押机关的上级机关或者同级人民检察院提出异议。上级机关或者人民检察院会对您的异议进行审查，并作出相应的处理决定。
• 申请行政复议或提起行政诉讼：如果扣押机关拒绝解除扣押或者您对上级机关、人民检察院的处理决定不服，您可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供详细的法律建议。