结论：公务员工资上调及新工资制度落实程序的合法性，需从制度依据、程序合规性、地方实施细则三个维度综合判断。结合新闻背景，此次工资调整具有政策依据，但具体落实程序是否合法需进一步审查地方实施细则及决策流程。

一、制度依据：政策合法性基础

根据《中华人民共和国公务员法》第八十条：

公务员实行国家统一的职务与级别相结合的工资制度。工资构成包括基本工资、津贴、补贴和奖金。国家根据经济社会发展水平提高公务员的福利待遇。

此次工资上调符合法律赋予的调整权限，且新闻背景中提到的“向基层岗位倾斜”“职级工资每两年调整一档”等原则，与《公务员法》第八十条中“国家建立公务员工资的正常增长机制”的立法精神一致。因此，制度层面具有合法性。

二、程序合规性：决策与实施流程需审查

工资调整程序的合法性需满足以下要件：

1. 决策主体合法：根据《公务员法》及相关政策，公务员工资调整需由国务院或省级政府批准，地方不得擅自调整。新闻背景中未明确决策主体，但若为中央统一部署（如“国家相关部门明确落实”），则主体合法；若为地方自行决定，需审查是否越权。
2. 程序公开透明：工资调整需经过调研、听证、公示等程序。例如，《山东省行政程序规定》要求涉及公众利益的决策需公开征求意见。若地方实施细则中缺少此类程序，可能构成程序违法。
3. 财政保障合规：根据《预算法》，工资调整需纳入财政预算并经人大批准。新闻背景中未提及财政程序，但若地方未履行预算审批，可能涉及违规。

结论：若中央统一部署且地方严格遵循决策、公示、财政审批程序，则程序合法；反之，可能存在程序瑕疵。

三、地方实施细则：差异性与合规性

新闻背景显示，不同地区工资调整幅度差异显著（如北京四级主任科员月增640元，山西增320元）。这种差异需符合以下原则：

1. 地区平衡原则：《公务员法》第八十条允许地区津贴补贴差异，但需以“经济社会发展水平”为依据。若地方调整幅度与当地GDP、财政收入等指标不匹配，可能违反公平原则。
2. 职级倾斜原则：新闻背景提到“向职称高的员工倾斜”，这与《公务员职务与职级并行规定》中“职级与待遇挂钩”的要求一致，但需确保职级评定程序公开，避免“暗箱操作”。

案例警示：某地曾因未公开职级评定标准被公务员起诉，法院判决撤销调整决定。因此，地方实施细则需明确评定标准并公示。

四、法律风险与合规建议

1. 对公务员：若发现工资调整未履行法定程序（如未公示、未纳入预算），可通过行政复议或诉讼主张权益。
2. 对地方政府：建议完善决策流程，例如：
   • 公开调整方案并征求意见；
   • 报同级人大批准预算；
   • 留存职级评定记录备查。

五、延伸思考：政策的社会影响

此次工资调整反映了国家对公务员队伍稳定性的重视，但需警惕以下问题：

1. 地区差异扩大：中西部与东部工资差距可能加剧人才流失，需配套住房、医疗等福利平衡。
2. 绩效评估争议：新闻背景提到“绩效优秀者月增640-840元”，但绩效标准若不明确，易引发“同工不同酬”纠纷。

总结：公务员工资上调及新工资制度在制度层面具有合法性，但具体落实程序的合法性需审查地方决策主体、程序公开性及财政保障。建议公务员关注地方实施细则的公示情况，地方政府应完善决策流程以避免法律风险。如有具体问题，可进一步提供细节以便分析。