结论前置：合作协议中约定不承担项目公司亏损责任的法律效力需根据具体情况综合判断，不能一概而论。在符合法律法规、真实意思表示、公平合理且不损害第三方利益或社会公共利益的前提下，该协议可能有效；否则，将被认定为无效。以下从多个角度进行详细分析：
一、协议性质与法律原则
合伙企业与个人合伙：
- 在个人合伙中，各合伙人共享收益、共担风险是基本原则。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合伙债务对外由每个合伙人分别承担无限连带责任。因此，若合作协议属于个人合伙性质，且约定一方不承担亏损，该条款在大多数情况下是无效的，因为它违背了合伙的基本原则。
有限合伙企业：
- 在有限合伙企业中，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。这意味着有限合伙人在其出资范围内不承担超出部分的亏损。若合作协议符合有限合伙企业的性质，且有限合伙人确实只以其出资额为限承担责任，那么该约定是符合法律规定且有效的。
二、协议签订的具体情况
双方真实意思表示：
- 协议双方必须基于真实意思表示签订不承担亏损协议。如果协议是在双方平等协商、自愿达成的基础上签订的，且不承担亏损的一方在合作事务中提供了特定的服务或投入了特定的资产，那么该协议可能有效。但需注意，这种有效性是建立在不违反法律法规强制性规定和公平合理原则的基础上的。
不违反法律强制性规定：
- 不承担亏损的约定不能违反法律法规的强制性规定。例如，在某些特殊行业或领域，法律可能明确规定合伙人必须共同承担亏损，此时不承担亏损的约定将无效。因此，在签订合作协议时，必须仔细审查相关法律法规，确保协议内容合法合规。
公平合理原则：
- 合伙协议应当遵循公平、合理的原则。如果协议明显偏袒一方，导致另一方承担全部或大部分亏损，这种约定可能会被认定为显失公平，从而无效。在签订合作协议时，应充分考虑各方的利益平衡，确保协议内容公平合理。
不损害第三方利益或社会公共利益：
- 不承担亏损协议的履行不得损害第三方的合法权益或违背社会公共利益。例如，若合作协议中的不承担亏损条款导致项目公司无法正常偿还对外债务，损害了债权人的利益，则该协议可能被认定无效。因此，在签订合作协议时，应充分考虑协议履行可能对第三方产生的影响。
三、公司股东之间的特殊情况
- 对于公司股东之间的合作协议，若约定某股东不承担项目公司亏损责任，其效力将受到更多限制。公司股东应遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利。若股东之间的不承担亏损协议可能导致公司利益受损，或使股东逃避对公司应尽的义务，其效力将受到质疑。特别是当某股东不承担亏损却享有与其他股东相同的分红权利时，这可能被视为对其他股东的不公平对待，影响协议的效力。
四、实际操作建议
明确约定：
- 在签订合作协议时，应对各方的出资、利润分配、亏损分担等事项作出明确且详细的约定。这有助于避免未来产生纠纷，并确保协议内容符合法律法规和公平合理原则。
法律审查：
- 在签订涉及不承担亏损条款的合作协议前，建议进行法律审查，以确保协议的合法性和有效性。这可以降低法律风险，并保护各方的合法权益。
风险评估：
- 合伙人或股东应充分了解法律规定和自身的权益，对合作事务的风险进行全面评估。这有助于作出合理的决策，并避免因不了解法律风险而遭受损失。
综上所述，合作协议中约定不承担项目公司亏损责任的法律效力是一个复杂的问题，需要根据具体情况进行综合判断。在签订此类协议时，务必谨慎行事，确保协议的合法性和有效性。若您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。