生病做手术休假是否影响年终考核，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、公司规章制度层面

1. 规章制度明确规定：如果公司规章制度中明确规定了员工因病休假（包括生病做手术休假）会影响年终考核，且该规章制度经过了民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并向员工进行了公示或告知，那么在这种情况下，生病做手术休假可能会对年终考核产生一定影响。例如，规章制度中可能规定，员工全年累计休假超过一定天数，年终考核不得评为优秀等次，或者会相应扣减考核分数。
2. 规章制度未明确规定：若公司规章制度中没有关于生病做手术休假影响年终考核的相关规定，那么从规章制度的角度来看，生病做手术休假不应成为影响年终考核的因素。公司不能仅凭员工生病休假就对其年终考核做出不利评价。

二、劳动合同约定层面

1. 劳动合同有约定：如果劳动合同中明确约定了员工因病休假会影响年终考核，那么双方应按照劳动合同的约定执行。但需要注意的是，劳动合同中的该约定不得违反法律法规的强制性规定，否则该约定无效。例如，劳动合同中约定员工生病休假一个月，年终考核直接评为不合格，这种约定可能因显失公平而被认定为无效。
2. 劳动合同无约定：若劳动合同中没有关于生病做手术休假影响年终考核的约定，那么公司不能擅自以员工生病休假为由对其年终考核做出不利处理。公司应依据公平、公正的原则，根据员工的工作表现、工作成果等实际情况进行年终考核。

三、法律法规层面

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，企业不得依据《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同，且应当按照规定支付病假工资或疾病救济费。虽然该规定没有直接涉及年终考核的问题，但体现了法律对患病职工的保护。如果公司以员工生病做手术休假为由，在年终考核中给予不公正待遇，可能涉嫌违反公平原则和劳动法律法规的精神。

法律建议

1. 查看公司规章制度和劳动合同：建议你先仔细查看公司的规章制度和与你签订的劳动合同，了解其中是否有关于生病休假影响年终考核的相关规定。
2. 与公司沟通协商：如果发现公司规章制度或劳动合同中存在不合理规定，或者公司以生病休假为由对你的年终考核做出不利处理，你可以与公司进行沟通协商，表达你的诉求和理由，争取达成公平合理的解决方案。
3. 寻求法律援助：如果沟通协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。