可以申请仲裁离职，但需根据具体情况判断是否合法及能否获得支持。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司扣薪行为的合法性分析
若公司扣薪行为无合法依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”公司无缘无故扣三天薪酬，属于违法行为。
- 在此情况下，您有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付被扣的工资，并可能要求公司支付经济补偿金（如因此导致您离职）。
若公司扣薪行为有合法依据但程序不当：
- 例如，公司依据规章制度扣薪，但规章制度未经过民主程序制定或未公示，或者扣薪幅度超过法定标准。
- 在此情况下，扣薪行为可能被认定为违法，您同样有权申请仲裁。
若公司扣薪行为合法且程序正当：
- 例如，您因严重违反公司规章制度给公司造成重大损失，公司依据合法有效的规章制度扣薪。
- 在此情况下，扣薪行为可能被认定为合法，您申请仲裁可能难以获得支持。但这种情况较为少见，且公司需承担严格的举证责任。
二、申请仲裁离职的流程及注意事项
准备仲裁材料：
- 包括仲裁申请书、身份证明、劳动关系证明（如劳动合同）、扣薪证据（如工资条、银行转账记录、公司通知等）。
提交仲裁申请：
- 向当地劳动仲裁机构提交仲裁申请，并按照要求缴纳仲裁费。
参加仲裁庭审：
- 在仲裁庭审中，您需要陈述事实、提供证据，并回答仲裁员的提问。
等待仲裁裁决：
- 仲裁机构将在受理仲裁申请后一定期限内作出裁决。如对裁决不服，您还可以向人民法院提起诉讼。
注意事项：
- 在申请仲裁前，建议您先与公司协商解决，看是否能达成和解。
- 申请仲裁时，要确保提供的证据真实、合法、有效。
- 仲裁过程中，要遵守仲裁程序，尊重仲裁员，如实陈述事实。
三、可能获得的法律后果
若仲裁支持您的诉求：
- 公司需支付被扣的工资，并可能需支付经济补偿金（如因此导致您离职）。
若仲裁不支持您的诉求：
- 您可能需要接受公司扣薪的事实，或者考虑通过其他途径（如诉讼）解决争议。但这种情况通常发生在公司扣薪行为合法且程序正当的情况下。
建议：在决定申请仲裁离职前，建议您先收集相关证据，评估公司扣薪行为的合法性。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。