结论前置：单位可通过协商、行政处理或法律诉讼途径追回公务员被羁押期间发放的工资，具体需结合工资性质、单位制度及法律规定综合判断。以下是详细分析：

一、追回工资的法律依据与原则

1. 工资支付原则
   根据《公务员法》及《工资支付暂行规定》，工资是劳动者提供劳动的对价。若公务员被羁押期间未实际履行职务（如未到岗工作、未完成工作任务），单位有权主张其不享有该期间工资。

2. 法律衔接点

   • 《公务员法》第八十条：公务员因违法违纪被调查期间，单位可暂停发放工资，但需经法定程序（如处分决定生效后）。
     
   • 《行政机关公务员处分条例》第三十二条：公务员受处分期间，工资待遇按处分类型调整（如降级、撤职等），但未明确羁押期间的工资处理。
     
   • 《民法典》第九百八十五条：若单位因错误支付工资产生不当得利，可要求返还。

二、追回工资的具体路径

1. 协商解决

   • 适用场景：双方对事实无争议，且公务员愿意配合。
     
   • 操作步骤：单位出具书面通知，说明羁押期间未提供劳动的事实，要求返还工资；公务员签署确认文件后，通过银行转账或现金返还。
     
   • 优势：成本低、效率高，避免矛盾激化。

2. 行政处理

   • 适用场景：单位有内部规章制度明确羁押期间工资处理规则。
     
   • 操作步骤：
     
     1. 依据《公务员法》及单位章程，启动内部调查程序；
        
     2. 作出书面决定，要求返还工资；
        
     3. 若公务员拒不执行，可报请上级主管部门或纪检监察机关介入。
        
   • 注意：需确保程序合法（如听取公务员陈述申辩），否则可能被撤销。

3. 法律诉讼

   • 适用场景：协商或行政处理未果，或争议金额较大。
     
   • 操作步骤：
     
     1. 准备证据：工资发放记录、羁押证明、未到岗记录等；
        
     2. 向法院提起民事诉讼，案由为“不当得利纠纷”；
        
     3. 法院判决后，申请强制执行。
        
   • 优势：具有强制力，但周期较长（通常3-6个月）。

三、关键风险点与应对建议

1. 证据固定

   • 需保留工资发放凭证（银行流水、签字记录）、羁押决定书、考勤记录等，证明公务员未提供劳动。
     
   • 建议：单位应建立工资发放与考勤联动机制，避免事后举证困难。

2. 程序合法性

   • 若通过行政途径处理，需严格遵守《公务员处分条例》规定的程序（如调查、告知、申辩、决定）。
     
   • 风险：程序违法可能导致处理决定被撤销，甚至引发行政诉讼。

3. 公务员权益保障

   • 需区分“羁押”与“处分”：羁押是司法措施，处分是行政行为。若公务员最终被宣告无罪，单位可能需补发工资。
     
   • 建议：单位可暂扣工资，但需在最终法律结论作出后决定是否追回。

四、实务操作示例

案例：某公务员因涉嫌贪污被刑事拘留，期间单位发放了3个月工资。后检察院作出不起诉决定。
处理：

1. 单位可主张羁押期间公务员未履行职务，要求返还工资；
   
2. 若公务员主张“无罪推定期间应享工资”，需结合单位制度及地方规定判断；
   
3. 最终可能通过协商返还部分工资（如扣除基本生活费）。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。