结论：支票退票理由书一般由银行填写，但具体操作需结合实际情况与法律规定。以下是详细分析：

1. 银行填写退票理由书的合法性与常规操作
   根据《票据法》及相关支付结算规定，当支票存在法定退票情形（如账户余额不足、印鉴不符、密码错误等）时，银行作为付款人或代理付款人，有义务在退票时出具退票理由书。这是银行的法定职责，旨在明确退票原因，保障持票人知情权。
   例如，若企业签发的支票因“空头”被退票，银行需在退票理由书中注明“账户余额不足”，并加盖业务章。这一流程是银行处理退票的标准操作。

2. 特殊情况下的处理方式

   • 持票人要求补充说明：若银行出具的退票理由书内容模糊（如仅写“其他原因”），持票人可要求银行补充具体理由。银行应配合提供详细说明，否则可能承担举证不力的法律风险。
     
   • 银行未履行义务的后果：若银行无正当理由拒绝出具退票理由书，持票人可依据《票据法》第106条，要求银行承担民事责任（如赔偿因退票导致的损失）。
     
   • 非银行原因退票：若退票系因出票人自身问题（如支票填写错误），银行可能仅作形式审查后退票，但退票理由书仍需由银行填写，注明具体违规点（如“出票日期大写错误”）。

3. 实务建议

   • 持票人：收到退票理由书后，务必核对内容是否完整、准确。若发现遗漏或错误，应及时联系银行更正，避免后续维权障碍。
     
   • 出票人：若因自身原因导致退票（如签发空头支票），需主动与银行沟通，了解具体退票原因，并尽快补足资金或更正支票信息，以减少信用风险。
     
   • 银行：应严格按规范填写退票理由书，避免使用模糊表述，确保内容真实、完整，降低法律纠纷风险。

总结：支票退票理由书通常由银行填写，这是其法定职责。若遇到填写不规范或拒绝出具的情况，可通过协商或法律途径解决。如有具体案例或疑问，可进一步向我咨询。