疫情期间高速免收通行费，运输合同中的费用不应被扣除。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同条款的约定

1. 合同内容：首先，需要查看运输合同中是否对高速通行费有明确的约定。如果合同中已经明确规定了高速通行费由哪一方承担，并且没有提及疫情等不可抗力因素导致的费用变化，那么应当按照合同约定的执行。
2. 疫情期间的特殊政策：然而，考虑到疫情期间政府出台了高速免收通行费的特殊政策，这是一个外部因素导致的费用变化，而非合同双方能够预见或控制的情况。

二. 不可抗力因素

1. 不可抗力的定义：根据《民法典》第五百九十条，不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况。疫情及其导致的政府政策变化，显然符合不可抗力的定义。
2. 不可抗力的影响：由于不可抗力导致的高速通行费免收，是合同双方都无法预见和控制的。因此，这一变化不应成为合同任一方扣除费用的理由。

三. 费用扣除的合理性

1. 无合同依据：如果运输合同中并未明确约定在不可抗力情况下可以扣除高速通行费，那么任何一方的扣除行为都是没有合同依据的。
2. 公平原则：从公平原则出发，由于疫情导致的政策变化是双方都无法预见的，因此让任一方承担这一变化带来的费用都是不公平的。

综上所述，疫情期间高速免收通行费，运输合同中的费用不应被扣除。这是基于合同条款的约定、不可抗力因素的影响以及费用扣除的合理性分析得出的结论。如果合同双方对此有争议，建议通过协商或法律途径解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。