针对您提出的“保险公司怀疑非法营运由谁调查”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，保险公司在常规情况下并不会直接主动调查非法营运行为。保险公司的核心业务是承保和理赔，它们主要根据投保人告知的车辆使用性质来决定是否承保以及保费的多少。在承保阶段，保险公司通常不会主动去调查或监控投保车辆的具体运营情况，因为这超出了其正常的业务范畴。

非法营运，即未取得相关运营许可而擅自从事道路运输经营活动的行为，这类行为主要由交通运输管理部门负责监管和查处。交通运输管理部门拥有专业的执法队伍和相应的法律权限，能够对非法营运行为进行调查、取证和处罚。

然而，在特定情境下，如理赔过程中，保险公司如果发现事故发生时车辆的使用情况存在异常，例如搭载多名不认识的乘客且有支付费用的迹象，那么保险公司可能会进一步深入调查是否涉及非法营运。这种调查可能通过以下几种途径进行：

1. 调查事故相关线索：保险公司会详细询问事故发生时的具体情况，包括车辆的使用情况、搭载的乘客等，以判断是否存在非法营运的嫌疑。

2. 大数据分析：保险公司收集的大量车辆行驶数据，如行驶路线、时间、搭载乘客数量等，可以通过大数据分析技术来识别出频繁在特定区域（如车站、机场等）接送乘客或行驶模式不符合正常私家车使用习惯的车辆，进而判断是否存在非法营运行为。

3. 委托第三方调查机构：保险公司还可以委托专业的第三方调查机构，通过走访、监控等方式获取车辆是否存在非法营运行为的证据。

4. 与交通管理部门信息共享：在某些情况下，保险公司可能与交通管理部门存在信息共享机制，从而能够获知某车辆是否存在非法营运的情况。

但需要强调的是，即使保险公司发现了非法营运的线索，它们也没有直接的执法权来对非法营运行为进行查处。这一职责仍然属于交通运输管理部门。

最后，我想提醒广大车主和驾驶员，非法营运行为不仅违反了法律法规，还可能对乘客的安全造成威胁。因此，建议大家遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动，以免面临法律制裁和经济损失。