结论前置：

1. 合同约定税率高于实际征收税率本身不违法，但需以不违反法律强制性规定为前提。
2. 若约定税率导致国家税收损失或违反税收法定原则，则可能被认定为无效条款。

详细分析：

一、合同自由原则与税收法定原则的边界

根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人可约定与交易相关的条款（包括税费承担方式）。但税收领域存在法定原则（《税收征收管理法》第3条），即税种、税率、税收优惠等必须由法律明确规定，当事人不得通过协议改变法定税率。

关键区分点：

• 若合同仅约定“由某方承担实际发生的税费”（按实际税率缴纳），属于合法约定；
• 若合同约定“按X%税率缴纳税费”（X%＞法定税率），则可能因违反税收法定原则被认定无效。

二、实践中可能存在的合法情形

1. 税费承担的约定：
   合同可约定由一方承担另一方应缴纳的税费（如约定“甲方承担乙方应缴的土地增值税”），但实际缴纳时仍需按法定税率计算。此类约定属于民事权利义务分配，不直接改变税率，合法有效。

2. 预估税费的调整机制：
   若合同约定“暂按X%税率预提税费，最终按实际税率多退少补”，且X%仅为预估参考值，则不违反法律规定。

三、违法情形及法律后果

1. 直接约定超法定税率：
   例如合同约定“企业所得税按30%缴纳”（法定税率为25%），此类条款因违反《税收征收管理法》第3条而无效。税务机关仍会按法定税率征税，超出部分约定无法执行。

2. 导致国家税收损失：
   若通过合同约定降低实际税率（如虚构成本转移利润），可能涉嫌偷逃税款（《刑法》第201条），相关条款不仅无效，还可能引发刑事责任。

四、实务建议

1. 审查合同条款表述：
   避免直接约定“按X%税率缴纳”，可改为“税费按国家规定标准计算，由某方承担”。

2. 明确税费调整机制：
   在合同中增加“如遇税率调整，按调整后税率执行”的条款，规避政策变动风险。

3. 关注地方性法规：
   部分地区对合资合作开发房地产有特殊税费政策（如土地增值税预征率），需结合当地规定设计条款。

如有具体合同条款需要审查，可直接向我提供详细内容，我将结合项目所在地税收政策进一步分析。