在第三人协助履行的合同中，若第三人提出诉讼时效抗辩，其法律效果及应对方式需结合具体情形分析，以下从不同角度展开说明：

1. 第三人诉讼时效抗辩的法律依据与效力

• 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，诉讼时效期间自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算，一般为三年。若第三人作为协助履行方，其抗辩权需基于自身与合同当事人的法律关系（如独立债务人、保证人或仅系辅助履行者）而确定。
• 效力区分：
  • 若第三人系独立债务人（如合同明确约定其直接向债权人履行义务），则其可主张诉讼时效抗辩，抗辩效果直接对抗债权人。
  • 若第三人仅系辅助履行者（如物流公司代为运输货物），其非合同当事人，原则上不享有诉讼时效抗辩权，除非债权人直接向其主张权利且超过时效。

2. 第三人抗辩的常见情形及应对

• 情形一：第三人作为债务加入人或保证人
  • 法律效果：若第三人以书面形式加入债务或提供保证，其地位等同于债务人，可主张诉讼时效抗辩。例如，保证合同中约定保证期间，债权人未在期间内主张权利的，保证人可免责。
  • 应对建议：债权人需在时效期内向第三人主张权利（如发送催款函、提起诉讼），并保留证据；债务人可督促债权人及时行使权利，避免因时效届满导致自身责任加重。
• 情形二：第三人仅系无因管理或委托履行
  • 法律效果：若第三人无合同义务而协助履行（如朋友代为还款），其非合同当事人，原则上不承担违约责任，亦无权主张诉讼时效抗辩。但若债权人误认其为债务人并主张权利，第三人可提出主体不适格抗辩。
  • 应对建议：债权人应明确合同相对方，避免向无关第三人主张权利；第三人可要求债权人撤回主张或通过书面声明澄清身份。

3. 诉讼时效抗辩的行使程序与限制

• 行使方式：第三人需在一审辩论终结前提出诉讼时效抗辩，否则视为放弃权利。抗辩需以书面形式提交法院，并附时效计算依据（如合同履行期限、催款记录等）。
• 限制情形：
  • 时效中断：若债权人在时效期内向债务人或第三人主张权利（如起诉、仲裁），时效重新计算。
  • 时效中止：因不可抗力或其他障碍导致债权人无法行使权利的，时效中止，自中止原因消除之日起满六个月继续计算。

4. 实务建议与风险防范

• 对债权人：
  • 签订合同时明确第三人的法律地位（如是否为债务人、保证人），避免权责不清。
  • 定期跟踪合同履行情况，在时效期内通过书面形式催款或提起诉讼。
• 对债务人：
  • 若依赖第三人履行，需在合同中约定第三人违约时的救济方式（如追偿权、违约金）。
  • 督促债权人及时行使权利，避免因时效届满导致自身责任无法转嫁。
• 对第三人：
  • 明确自身在合同中的角色，避免无意中承担债务人责任。
  • 若被错误主张权利，及时提出抗辩并保留证据（如合同、履行记录等）。

结论：第三人协助履行的合同中，其诉讼时效抗辩的效力取决于其法律地位及是否为合同当事人。债权人需在时效期内主张权利，债务人应防范时效风险，第三人则需根据自身角色合理应对。如有具体案情，可进一步提供细节以便精准分析。