结论：员工用年假抵扣减少的工资，保险公司是否赔偿需分情况讨论，具体如下：

1. 若交通事故被认定为工伤
   根据《工伤保险条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》，员工因工伤休息期间，用人单位应按原工资福利标准支付工资（即停工留薪期工资），且不得用年假抵扣。此时，若保险公司承保了工伤保险责任（如雇主责任险），则需赔偿员工因工伤导致的工资损失，包括被年假抵扣的部分。但需注意：

   • 工伤保险基金仅支付医疗费、一次性伤残补助金等，停工留薪期工资通常由用人单位承担，若用人单位投保了补充商业保险（如雇主责任险），可向保险公司索赔；
     
   • 若员工自行用年假抵扣，可能被视为放弃部分停工留薪期待遇，但保险公司仍需按合同约定赔偿用人单位的损失（需以保险合同条款为准）。

2. 若交通事故非工伤（如员工个人原因导致）
   此时员工用年假抵扣工资属于用人单位内部管理行为，与保险公司无关。保险公司仅在承保的险种范围内赔偿（如车险中的第三者责任险、车上人员责任险等），但这些险种不涉及员工工资损失。除非用人单位投保了“雇主责任险”且合同明确约定赔偿员工因事故导致的工资损失，否则保险公司无需赔偿。

关键点提示：

• 需先明确交通事故是否属于工伤（如是否在上下班途中、是否非本人主要责任等）；
  
• 核查用人单位投保的险种及保险合同条款（如雇主责任险是否覆盖工资损失）；
  
• 若涉及工伤，建议优先通过工伤保险基金和用人单位主张权利，再依据保险合同向保险公司索赔。

如有进一步细节（如事故责任认定、保险合同条款等），可直接向我咨询，我会结合具体情况为您分析。