村委会无偿收回您早年在村集体土地上所建厂房的土地使用权，这一行为是否合法，需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、土地使用权取得与合法性
未办理土地使用证的影响：
- 您早年在村集体土地上建厂，但未办理土地使用证，这确实是一个法律上的瑕疵。土地使用证是证明土地使用权归属和合法性的重要文件，未办理可能导致您在土地使用权上的权益无法得到充分保障。
土地使用权的合法性判断：
- 尽管未办理土地使用证，但如果您能证明您是通过合法途径（如与村集体签订土地使用协议、支付土地使用费用等）取得土地使用权，并且该使用行为未违反当时及现行的法律法规，那么您的土地使用权在一定程度上应得到认可。
二、村委会收回土地的合法性
村委会的权力与限制：
- 村委会作为村集体经济组织的管理机构，对村集体土地具有一定的管理权。然而，这种管理权并非无限，必须受到法律法规的约束。村委会无权随意无偿收回村民合法取得的土地使用权。
收回土地的合法情形：
- 根据相关法律法规，村委会收回土地使用权通常需要基于合法理由，如土地被违法占用、土地使用期限届满且未续期、土地使用者违反土地使用规定等。如果村委会无法证明您存在上述违法或违规行为，那么其无偿收回土地使用权的行为可能缺乏合法依据。
三、法律建议与应对措施
核实土地使用权情况：
- 您应首先核实自己与村集体之间关于土地使用的协议或约定，以及是否支付了相应的土地使用费用。这些证据将有助于您证明自己土地使用权的合法性。
与村委会协商：
- 在确认自己土地使用权合法的前提下，您可以尝试与村委会进行协商，了解其收回土地的具体原因和依据，并寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。律师将能够根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
注意法律程序：
- 在处理此类纠纷时，务必注意法律程序。如果村委会的收回行为缺乏合法依据，您可以通过法律途径提起诉讼或申请行政复议等，以维护自己的权益。
最后需要强调的是，由于您未办理土地使用证，这在一定程度上增加了您维护自己权益的难度。因此，在未来的土地使用和开发过程中，建议您务必遵守相关法律法规，及时办理相关手续和证件，以确保自己的合法权益得到充分保障。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。