核心前提：货运代理在不知情的情况下运输了仿牌货物，现面临被查处的风险。

结论前置：

1. 立即停止合作并保留证据：一旦发现所运输货物可能涉及仿牌，应立即停止与相关货主的合作，并妥善保留所有与该批货物相关的运输单据、沟通记录等证据，以证明自身在运输过程中并不知情。
2. 主动配合调查并说明情况：在相关部门进行调查时，货运代理应主动配合，如实说明情况，包括货物的来源、运输过程、与货主的沟通情况等，以证明自身并非故意运输仿牌货物。

详细分析：

1. 法律责任分析：

   • 货运代理在不知情的情况下运输了仿牌货物，从法律上讲，其主观上并无故意。然而，根据相关法律法规，运输仿牌货物可能构成违法行为，货运代理可能因此承担一定的法律责任，如罚款、没收违法所得等。但责任的轻重会考虑其主观过错程度。

2. 应对措施：

   • 立即停止合作：一旦发现货物可能涉及仿牌，货运代理应立即停止与该货主的合作，避免进一步卷入违法行为。
   • 保留证据：货运代理应妥善保留所有与该批货物相关的运输单据、沟通记录等证据。这些证据在后续调查中可能起到关键作用，证明货运代理在运输过程中并不知情。
   • 主动配合调查：在相关部门进行调查时，货运代理应主动配合，如实说明情况。这有助于调查机关了解事实真相，减轻或免除货运代理的法律责任。
   • 寻求法律帮助：如果货运代理对法律程序或自身责任有疑问，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助货运代理更好地应对法律风险。

3. 预防措施：

   • 加强货物审核：货运代理在承接运输业务时，应加强对货物的审核，确保所运输的货物不涉及仿牌、违禁品等违法行为。
   • 完善合同条款：在与货主签订运输合同时，货运代理可以明确约定货物的合法性要求，以及货主对货物合法性的保证责任。这样可以在一定程度上降低货运代理的法律风险。

后续建议：

• 货运代理在今后的业务中应更加谨慎，加强对货物的审核和合同条款的完善，以避免类似情况再次发生。
• 如果遇到法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。