发现车子被人套牌了，确实是一个比较棘手的问题，但请您不要慌张，按照以下步骤操作，可以最大程度地保护您的合法权益：
第一步：明确情况并立即行动
首先，您需要确认自己的车辆确实被套牌了。一旦确认，请立即采取行动，因为套牌车可能会利用您的车辆信息进行违法活动，对您的合法权益造成进一步侵害。
第二步：详细收集证据
这一步非常关键，您需要尽可能多地收集证据来证明自己车辆的清白。具体做法包括：
拍摄照片与视频：在确保安全的前提下，使用手机或相机对套牌车的外观、车牌号码、行驶状态等进行清晰拍摄或录像，并记录发现套牌车的时间、地点及周围环境。
记录套牌车特征：包括套牌车的颜色、车型、特殊标识等，以及发现时的具体情况和可能的见证物。
保留自身车辆证件：整理并保存好车辆的行驶证、机动车登记证书、购车发票、保险单据等所有合法手续和证明文件。这些文件将作为您证明车辆身份的重要依据。
搜集其他证据：如停车小票、高速收费票据、行车记录仪录像等，这些都能作为您车辆位置的辅助证明。
第三步：及时报警处理
前往报案：携带收集到的所有证据和车辆相关手续，前往当地公安机关交通管理部门报案，详细说明车辆被套牌的情况，并提交相关证据。
配合警方调查：报警后，您应积极配合警方的调查工作，提供所需的信息和协助，如车辆使用记录、行驶轨迹等。这将有助于警方更快地锁定套牌车并展开进一步行动。
第四步：向交警部门申诉
提交申诉材料：除了报案时提交的证据和车辆手续外，您还需要撰写一份详细的申诉材料，说明车辆被套牌的情况、对自身造成的影响以及要求处理的诉求。
前往交通队核实信息：尽快前往被拍照所在地的交通队进行信息核实，通过查看违法拍照照片等手段确认是否被套牌，并向工作人员详细说明情况。
跟进申诉进度：与交警部门保持密切联系，及时了解申诉的处理进度和结果，确保问题得到及时解决。
第五步：考虑变更车辆信息与更换车牌
为防止套牌车继续利用您的车辆信息进行违法活动，您可以考虑向车辆管理部门申请变更车辆信息（如发动机号、车架号等）或更换车牌。这一步骤需要在交警部门的建议和指导下进行。
第六步：联系保险公司并关注后续处理
通知保险公司：及时将车辆被套牌的情况告知保险公司，避免因套牌车的违法行为导致您的保险权益受影响。
核实保险记录：与保险公司一起核实保险记录，确保没有因套牌车产生不合理的保险理赔或费用增加等问题。
关注处理结果：持续关注公安机关和交警部门对套牌车的处理结果，确保您的合法权益得到最终维护。
第七步：寻求法律援助与维权
如果套牌行为给您造成了经济损失或其他不良影响，并且无法通过上述步骤得到妥善解决，您可以考虑咨询专业律师了解自己的权益和维权途径，并在必要时通过法律手段追究套牌者的法律责任。
总之，发现车辆被套牌后，请务必保持冷静并按照上述步骤逐一处理。相信在您的积极配合下，问题一定能够得到妥善解决。