学校组织全员夜跑是否合法，需结合具体情况从多个角度进行分析：
从学校管理权限角度：
- 学校作为教育机构，拥有对学生日常活动进行管理的权限。组织夜跑活动，若出于增强学生体质、培养团队精神等合理目的，且活动安排符合学校规章制度，一般可视为学校管理权限的合理行使。
- 但需注意，学校在行使管理权限时，应确保活动不侵犯学生的合法权益，如不强制学生参加、不设置不合理的惩罚措施等。
从学生权益保护角度：
- 学生享有身体健康权、休息权等基本权益。学校组织夜跑活动，应充分考虑学生的身体状况和休息需求，避免在夜间或学生疲劳时进行高强度运动。
- 若活动安排不当，如时间过晚、强度过大，可能对学生的身体健康和休息造成不良影响，此时学校的组织行为可能涉嫌侵犯学生权益。
从活动安全保障角度：
- 学校组织夜跑活动，应确保活动场所的安全，如选择照明良好、无交通隐患的路线。
- 同时，学校应提供必要的安全保障措施，如安排教师或工作人员陪同、准备急救设备等。
- 若学校未尽到安全保障义务，导致学生在夜跑过程中发生意外，学校可能需承担相应的法律责任。
从法律法规遵循角度：
- 学校组织夜跑活动，应遵守相关法律法规，如《中华人民共和国教育法》、《中华人民共和国未成年人保护法》等。
- 这些法律法规对学校的教育活动、学生权益保护等方面有明确规定，学校应确保活动不违反这些规定。
法律建议：
- 学校在组织夜跑活动前，应充分评估活动的合理性、安全性，并制定详细的活动方案。
- 活动方案应明确活动目的、时间、地点、强度、安全保障措施等，并提前告知学生及家长。
- 若学生对夜跑活动有异议或身体不适，学校应尊重学生的选择，不得强制学生参加。
- 在活动过程中，学校应密切关注学生的身体状况和安全情况，及时处理突发情况。
可能的法律后果：
- 若学校组织夜跑活动不当，导致学生权益受损或发生安全事故，学校可能需承担民事责任，如赔偿学生因活动受伤而产生的医疗费用、误工费等。
- 在严重情况下，若学校行为构成违法或犯罪，如故意伤害、过失致人重伤等，相关责任人还可能承担刑事责任。
总结：学校组织全员夜跑是否合法，需结合活动目的、安排、安全保障措施以及是否遵循相关法律法规进行综合判断。若学校能够确保活动的合理性、安全性，并尊重学生的权益，则组织夜跑活动一般是合法的。若有问题，可以直接向我咨询。