关于公司资金转给员工，员工三年后归还是否违法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：

1. 资金性质与用途：

   • 如果资金是公司出于某种合法目的（如奖金、报销、借款等）暂时转给员工，且双方有明确的约定或协议：在这种情况下，员工按照约定或协议在三年后归还资金，通常是不违法的。关键在于双方是否有明确的约定，以及该约定是否合法合规。
   • 如果资金是公司错误转账或员工非法占有：若资金是公司因操作失误而错误转给员工，或者员工通过欺诈、侵占等非法手段获取公司资金，那么员工在三年后归还（或未归还）都可能构成违法。这种情况下，员工可能面临法律责任，包括但不限于返还资金、赔偿损失等。

2. 时间因素与法律后果：

   • 诉讼时效：在民事法律关系中，诉讼时效是一个重要的概念。如果公司因员工未归还资金而提起诉讼，那么诉讼时效的计算将影响案件的受理和判决。一般来说，民事诉讼时效期间为三年（自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算）。但具体诉讼时效可能因地区、案件类型等因素而有所不同。如果公司在三年内未提起诉讼，可能会面临丧失胜诉权的风险。然而，这并不意味着员工可以因此免除归还资金的义务，只是公司可能无法通过法律途径强制执行。
   • 长期占用资金的法律后果：即使员工在三年后归还资金，如果其长期占用资金给公司造成了经济损失（如利息损失、投资机会损失等），公司仍有权要求员工赔偿这些损失。

3. 合规建议：

   • 明确约定：为了避免类似的纠纷，公司应在转账给员工时明确约定资金的性质、用途、归还时间等条款，并确保双方签字确认。这样可以在发生纠纷时提供有力的证据支持。
   • 及时沟通：如果员工因特殊原因无法按时归还资金，应及时与公司沟通并说明情况。双方可以协商制定新的还款计划或采取其他解决方案。
   • 法律途径：如果员工拒绝归还资金或双方无法达成一致意见，公司可以通过法律途径维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼、申请仲裁等。

总结来说，员工三年后归还公司资金是否违法取决于资金性质、用途以及双方之间的约定。为了避免纠纷和损失，建议公司在转账给员工时明确约定相关条款，并在必要时及时采取法律措施维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。