协议是否有效，需结合具体情况判断，但盖有镇工程指挥部公章的协议并不必然无效。以下从不同角度为您详细分析：
一、公章的法律效力
公章代表单位意志：
- 公章是单位对外行使权力、承担义务的标志。在法律上，公章的使用通常被视为单位意志的体现。因此，镇工程指挥部作为镇政府设立的临时机构，其公章在协议上的使用，原则上可以代表镇政府的意志。
公章的合法性：
- 关键在于镇工程指挥部是否有权使用该公章签订协议。如果镇政府明确授权镇工程指挥部负责安置补偿工作，并允许其使用公章签订相关协议，那么该协议在公章使用上是合法的。
二、协议主体的合法性
镇政府作为协议主体：
- 镇政府作为一级政府，有权与村民签订安置补偿协议。如果协议内容合法、程序正当，且双方意思表示真实，那么该协议在主体上是合法的。
镇工程指挥部的角色：
- 镇工程指挥部作为镇政府的临时机构，其本身可能不具备独立的法人资格。但是，如果镇政府授权其代表镇政府签订协议，并且该授权在协议签订时是明确且有效的，那么镇工程指挥部在协议中的行为可以视为镇政府的行为。
三、协议内容的合法性
协议内容需符合法律法规：
- 安置补偿协议的内容必须符合相关法律法规的规定，如土地管理法、城乡规划法等。如果协议内容违反法律法规，那么该协议可能被认定为无效。
协议程序需正当：
- 协议的签订程序也需正当，包括双方协商、公示、听证等程序。如果程序存在瑕疵，可能影响协议的效力。
四、可能影响协议效力的其他因素
村民的同意与签字：
- 协议的有效签订还需要村民的同意并在协议上签字。如果村民未签字或签字非本人所为，那么协议可能因缺乏村民的真实意思表示而无效。
协议的履行情况：
- 如果协议已经部分或全部履行，且双方对履行情况无异议，那么这也可以作为协议有效的一个佐证。
五、建议与后续行动
核实授权情况：
- 建议您首先核实镇政府是否授权镇工程指挥部签订该协议，并了解授权的具体内容和范围。
审查协议内容：
- 仔细审查协议内容，确保其符合相关法律法规的规定，并且程序正当。
咨询专业律师：
- 如果您对协议的效力存在疑虑，或者协议在履行过程中出现了问题，建议您及时咨询专业律师，以便得到更具体的法律建议。
总结来说，盖有镇工程指挥部公章的安置补偿协议并不必然无效，但其效力需结合公章使用的合法性、协议主体的合法性、协议内容的合法性以及可能影响协议效力的其他因素进行综合判断。如果您对此有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。