针对行政机关已生效的腾退土地决定未执行且超过申请执行时效的问题，核心处理方向需结合法律程序救济与行政争议实质性化解，具体分析如下：

1. 时效届满后的法律后果与救济路径

根据《行政强制法》第53条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第156条，行政机关申请法院强制执行的期限为“自被执行人的法定起诉期限届满之日起三个月内”。若该期限已过，法院将不再受理强制执行申请，行政机关丧失通过司法程序强制腾退的法定权利。

救济路径：

• 重新作出行政决定：行政机关可依据《行政处罚法》第36条，重新启动调查程序，在查明事实后重新作出腾退决定，并确保在新的法定起诉期限内申请执行。但需注意，重新作出决定需有新的事实或法律依据，否则可能因“一事不再罚”原则被撤销。
• 协商补偿或置换：若腾退涉及相对人合法权益，行政机关可依据《土地管理法》第58条，通过协商补偿、土地置换等方式解决争议，避免强制执行带来的社会风险。

2. 相对人权利保护与程序抗辩

若相对人主张行政机关未依法执行，可采取以下措施：

• 程序违法抗辩：在行政机关重新启动程序时，相对人可依据《行政诉讼法》第70条，以“违反法定程序”为由主张撤销重新作出的腾退决定。例如，行政机关未履行催告程序、未告知救济权利等。
• 国家赔偿请求：若行政机关的拖延执行导致相对人财产损失（如土地闲置费用、地上物毁损），相对人可依据《国家赔偿法》第4条，在两年内申请行政赔偿，但需证明损失与行政机关的违法行为存在直接因果关系。

3. 行政机关内部监督与责任追究

• 内部纠错机制：行政机关可通过行政复议或自我纠错程序，撤销原决定并重新处理。例如，依据《行政复议法》第28条，行政复议机关可责令行政机关重新作出具体行政行为。
• 责任追究：若行政机关工作人员存在故意拖延或滥用职权行为，可依据《公务员法》第59条，通过内部纪律处分或监察程序追究责任。

4. 司法建议与信访化解

• 司法建议：法院可向行政机关发出司法建议，督促其依法履行职责或完善执行程序，但司法建议不具有强制力。
• 信访化解：相对人可通过信访渠道反映问题，行政机关需依据《信访工作条例》第17条，在15日内决定是否受理并告知相对人，但信访结果不直接影响行政决定的合法性。

行动建议：

1. 行政机关应立即核查执行时效届满的原因，若因自身程序瑕疵导致，需优先通过协商或补偿化解争议；
   
2. 相对人若认为行政机关行为违法，可委托律师分析证据，在法定期限内提起行政诉讼或国家赔偿申请；
   
3. 双方均可申请政府法制部门或第三方调解机构介入，推动争议实质性化解。
   

如有具体案情或证据材料，可进一步提供细节，我将结合《行政强制法》《土地管理法》等法规，制定更精准的应对方案。