若商铺一半有证一半违建，涉及违建部分的租赁合同无效，合法部分的租赁合同仍然有效。关于违建情况下的使用和占用，需具体分析。

一. 租赁合同效力分析

1. 合法部分有效：根据《合同法》第五十六条，“无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。”因此，商铺中合法有证的部分，其租赁合同是有效的，双方应依约履行。
2. 违建部分无效：对于违建部分，由于其违反了《城乡规划法》、《建筑法》等相关法律法规，根据《合同法》第五十二条，“有下列情形之一的，合同无效：……（五）违反法律、行政法规的强制性规定。”因此，涉及违建部分的租赁合同是无效的。

二. 违建情况下的使用和占用

1. 不能使用违建部分：由于违建部分是非法的，因此承租人不能使用该部分进行经营活动或任何其他用途。如果使用了违建部分，可能会面临行政处罚、拆除等法律后果。
2. 占用费问题：对于违建部分的占用，由于租赁合同无效，承租人无需支付该部分的租金或占用费。但如果承租人实际占用了违建部分并获得了利益，出租人可能会主张不当得利返还，要求承租人支付相应的占用费用。这需要根据具体情况来判断。

• 例如，如果承租人明知商铺存在违建部分仍然租赁，并实际使用了违建部分进行经营，那么出租人可能会要求承租人支付违建部分的占用费。

我建议：在签订租赁合同时，应仔细审查商铺的产权证明和规划许可等文件，确保租赁的商铺全部为合法建筑。如果商铺存在违建部分，应尽量避免涉及该部分的租赁，以免引发不必要的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。