结论：在租赁合同纠纷中，本金结清时是否需要签订协议，取决于双方的具体情况和需求。一般建议签订书面协议以确保双方权益，但在某些简单或信任度较高的情况下，口头协议也可能被接受。以下是对此问题的详细分析：
一、签订书面协议的必要性
明确双方权利义务：书面协议可以详细记录租赁双方的权利和义务，包括租金支付方式、支付时间、支付金额等关键信息。这有助于避免未来可能出现的争议和误解。
法律保障：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，书面合同具有更强的法律效力。在发生纠纷时，书面协议可以作为重要的证据，有助于维护双方的合法权益。
预防风险：签订书面协议可以预防潜在的风险，如租金拖欠、合同违约等。通过明确约定违约责任和赔偿方式，可以降低双方的经济损失。
二、口头协议的可行性
简单交易：对于租金金额较小、租赁期限较短的简单交易，双方可能更倾向于通过口头协议达成一致。这种情况下，口头协议可能足够满足双方的需求。
信任基础：如果租赁双方之间存在较高的信任度，且过去有过良好的合作经历，那么口头协议也可能被接受。然而，即使在这种情况下，签订书面协议仍然是一个更稳妥的选择。
三、实际操作建议
评估风险：在决定是否签订书面协议时，租赁双方应评估潜在的风险和损失。如果风险较高或损失较大，建议签订书面协议。
明确约定：无论选择书面协议还是口头协议，双方都应明确约定租金支付方式、支付时间、支付金额等关键信息。这有助于避免未来可能出现的争议。
保留证据：如果选择口头协议，双方应尽可能保留与交易相关的证据，如转账记录、聊天记录等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。
四、法律后果
若未签订协议：在未签订书面协议的情况下，如果发生租金拖欠、合同违约等纠纷，双方可能面临举证困难的问题。这可能导致纠纷难以解决，甚至需要通过法律途径解决，增加双方的经济和时间成本。
若签订协议：签订书面协议后，如果一方违反协议约定，另一方可以依据协议约定追究违约方的法律责任。这有助于维护双方的合法权益，降低纠纷解决的成本。
总结与建议：在租赁合同纠纷中，本金结清时是否需要签订协议取决于双方的具体情况和需求。从法律保障和预防风险的角度出发，建议签订书面协议以确保双方权益。如果双方选择口头协议，也应尽可能明确约定关键信息并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。