针对您提出的“宠物店卫生差由什么部门管理，以及相关的法律条文是什么”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、管理部门

宠物店的卫生管理问题，通常涉及多个部门的监管，但主要与农业农村部门和市场监管部门（或城市管理和综合执法部门，具体取决于地方规定）有关。

1. 农业农村部门：负责宠物诊疗机构的许可管理、兽医人员备案管理以及疫病防控管理等工作。如果宠物店涉及宠物诊疗活动，且存在卫生问题，农业农村部门有权进行监管和处罚。

2. 市场监管部门（或城市管理和综合执法部门）：负责市场秩序的维护，包括宠物店的经营行为、环境卫生等。如果宠物店因管理不当导致店内异味较大，影响周边群众生活，市场监管部门或城市管理和综合执法部门有权依法进行处罚。

二、法律条文

关于宠物店卫生管理的法律条文，主要涉及以下几个方面：

1. 《中华人民共和国动物防疫法》：

   • 该法规定了动物疫病的预防、控制、扑灭和动物、动物产品的检疫等制度，对宠物店的疫病防控管理提出了明确要求。
   • 如果宠物店未按照规定实施卫生安全防护、消毒、隔离和处置诊疗废弃物，可能违反该法规定。

2. 《兽药管理条例》：

   • 该条例规定了兽药的生产、经营、使用和监督管理等制度，对宠物店使用兽药的行为进行了规范。
   • 如果宠物店存在以假充真、以次充好、以国产产品冒充进口产品等违法违规行为，或者未按规定使用兽药、未按规定建立兽药用药记录等，可能违反该条例规定。

3. 地方性法规：

   • 不同地区可能根据本地实际情况制定了相关的地方性法规，如《珠海经济特区养犬管理条例》等，对宠物店的经营行为、环境卫生等进行了具体规定。
   • 例如，在珠海市，如果宠物店因管理不当导致店内异味较大，影响周边群众生活，可能违反《珠海经济特区养犬管理条例》的相关规定。

三、具体案例

以珠海市为例，斗门区白藤街道综合执法办在对辖区宠物店开展执法检查时，发现某宠物店因管理不当导致店内异味较大，存在扰民情况。根据《珠海经济特区养犬管理条例》的相关规定，依法对该宠物店做出了行政处罚决定。这一案例表明，宠物店的卫生管理问题确实受到相关部门的监管和处罚。

四、建议

为了确保宠物店的卫生管理符合相关规定，建议您：

1. 定期对宠物店进行清洁和消毒，保持店内环境整洁。
2. 严格按照规定使用兽药，并建立完善的兽药用药记录。
3. 关注地方性法规的要求，确保宠物店的经营行为符合当地规定。
4. 如遇到卫生管理问题或相关投诉，及时与相关部门沟通并配合处理。

希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告知。