结论前置：宠物店内狗叫声扰民的问题，主要归属于公安部门和生态环境主管部门进行管理。同时，根据具体情况，也可能涉及城市管理综合执法部门、社区居委会或物业管理公司的协调处理。以下是具体的法律分析和建议：
一、公安部门的管理职责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第七十五条，饲养动物干扰他人正常生活的，处警告；警告后不改正的，或者放任动物恐吓他人的，处二百元以上五百元以下罚款。
适用情况：
- 当宠物店内的狗叫声严重干扰周围居民的正常生活秩序，如夜间大声吠叫影响居民休息时，居民可以向公安部门报警。公安部门会依法进行调查处理，对违规的宠物店进行警告或罚款。
二、生态环境主管部门的管理职责
法律依据：
- 根据《中华人民共和国噪声污染防治法》第八条，国务院生态环境主管部门对全国噪声污染防治实施统一监督管理，地方人民政府生态环境主管部门对本行政区域噪声污染防治实施统一监督管理。
适用情况：
- 如果宠物店内的狗叫声构成噪音污染，居民可以向当地生态环境主管部门投诉。生态环境主管部门会依法进行调查处理，确保居民的合法权益得到保障。
三、其他可能涉及的部门
城市管理综合执法部门：
- 虽然城管部门主要负责查处影响城市环境卫生和公共秩序的养犬问题，但在某些情况下，如果宠物店的经营行为影响了城市环境卫生或公共秩序，城管部门也可能介入处理。
社区居委会或物业管理公司：
- 在小区内或商业综合体内，社区居委会或物业管理公司可以协助调解宠物店与居民之间的纠纷，促进问题的和平解决。它们可以制定相关规定或公约，规范宠物店的经营行为，减少对居民的影响。
四、法律建议
友好协商：
- 首先，建议居民尝试与宠物店进行友好协商，要求其采取措施减少狗叫声对居民的影响。这可以是调整狗舍的位置、增加隔音设施、控制狗的活动时间等。
投诉举报：
- 如果协商无果，居民可以向公安部门或生态环境主管部门投诉举报。在投诉时，建议提供详细的情况和证据，如扰民的时间、频率、影响等，以便相关部门进行调查处理。
法律途径：
- 如果宠物店的行为严重且持续不断，给居民生活带来极大困扰和损失，居民可以考虑直接向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
五、相关法律条文
《中华人民共和国治安管理处罚法》第七十五条：
- 饲养动物，干扰他人正常生活的，处警告；警告后不改正的，或者放任动物恐吓他人的，处二百元以上五百元以下罚款。
《中华人民共和国噪声污染防治法》第八条：
- 国务院生态环境主管部门对全国噪声污染防治实施统一监督管理。地方人民政府生态环境主管部门对本行政区域噪声污染防治实施统一监督管理。各级住房和城乡建设、公安、交通运输、铁路监督管理、民用航空、海事等部门，在各自职责范围内，对建筑施工、交通运输和社会生活噪声污染防治实施监督管理。基层群众性自治组织应当协助地方人民政府及其有关部门做好噪声污染防治工作。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。