关于外包员工是否可以由用工单位管理的问题，这实际上涉及多个层面，包括法律关系、合同约定以及实际操作中的灵活性。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律关系层面

首先，从法律角度来看，外包员工与外包公司（即劳务派遣单位或专业服务公司）存在直接的劳动关系。根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳务派遣单位作为用人单位，需承担包括考勤管理、薪资发放、社保缴纳等在内的各项劳动管理责任。而用工单位，虽然与外包员工存在实际的工作关系，但并不直接承担这些劳动管理责任，除非合同中有特别约定。

二、合同约定层面

其次，外包合同中应明确约定双方的权利和义务，包括考勤管理的责任归属。这是避免后续纠纷的关键。合同双方可以根据实际情况协商确定考勤管理由哪一方负责。例如，如果外包员工的工作内容与用工单位的核心业务紧密相关，且需要在用工单位的场所工作并遵守其规章制度，那么用工单位可能会在合同中约定负责考勤管理。反之，如果外包公司拥有完善的人力资源管理体系，且外包员工的管理更依赖于该体系，那么考勤管理可能会由外包公司负责。

三、实际操作层面

在实际操作中，考勤管理的责任归属可能因具体工作场景而异。有些情况下，用工单位为了确保项目进度和协同工作效率，可能会直接负责外包员工的考勤管理。而在其他情况下，外包公司可能会利用其熟悉员工情况和管理体系的优势，负责考勤管理。这种灵活性有助于双方根据实际情况做出最优安排。

四、综合建议

1. 明确合同约定：在外包合同签订前，双方应充分沟通并明确考勤管理的责任归属，确保合同条款的准确性和合法性。

2. 遵守法律法规：无论考勤管理由哪一方负责，都应严格遵守相关法律法规和规章制度，保障外包员工的合法权益。

3. 建立有效沟通机制：用工单位和外包公司之间应建立有效的沟通机制，及时解决可能出现的问题和争议，确保考勤管理的顺利进行。

综上所述，外包员工是否可以由用工单位管理并不是一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据法律关系、合同约定以及实际操作中的灵活性来综合考虑。通过明确合同约定、遵守法律法规和建立有效沟通机制，可以确保考勤管理的合法性和有效性。