不当班主任就扣除绩效工资的行为，一般是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
法律依据角度
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效工资作为工资的一部分，同样受到这一条款的保护。因此，除非有明确的法律规定或劳动合同、规章制度中的合法约定，否则用人单位不得随意扣除劳动者的绩效工资。
劳动合同与规章制度角度
- 劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了绩效工资的发放条件和标准，且这些条件和标准与是否担任班主任无直接关联，那么用人单位不得因劳动者不当班主任而扣除其绩效工资。
- 规章制度规定：用人单位的规章制度中如果规定了绩效工资的发放与班主任职务挂钩，但这一规定未经民主程序制定、未向劳动者公示或违反法律法规的强制性规定，那么该规定对劳动者不具有约束力。用人单位不得依据此类规定扣除劳动者的绩效工资。
实际操作与建议
- 与用人单位协商：如果劳动者认为用人单位扣除其绩效工资的行为不合法，可以首先与用人单位进行协商，寻求解决方案。
- 收集证据并申请劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以收集相关证据（如劳动合同、工资条、规章制度等），然后向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的绩效工资。
- 提起诉讼：如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果
如果用人单位未经合法程序擅自扣除劳动者的绩效工资，可能面临以下法律后果：
- 支付被扣除的工资：用人单位需要支付被扣除的绩效工资给劳动者。
- 支付赔偿金：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位如果违反法律规定解除或终止劳动合同，或者未按照劳动合同约定支付劳动报酬等，可能需要向劳动者支付赔偿金。虽然这一条款直接针对的是解除或终止劳动合同的情况，但类似的原则也可能适用于无故扣除工资的情况。
- 受到行政处罚：劳动行政部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并可能对其处以罚款等行政处罚。
总结与建议：不当班主任就扣除绩效工资的行为一般是不合法的。劳动者在遇到此类情况时，应首先与用人单位协商，协商无果后可以收集证据并申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。如果存在法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。