结论前置：注册公司仅开票但依法交税的行为本身不违法，但需结合具体经营模式、税务合规性及业务实质综合判断。以下是分情况说明：

1. 合法情形：真实业务背景下的开票与纳税

• 核心逻辑：若公司存在真实交易（如提供商品、服务或劳务），仅因客户要求或业务需要“先开票后收款”，但依法申报收入并缴纳增值税、企业所得税等税费，完全合法。
• 合规要点：
  • 需保留合同、物流单据、付款记录等证明业务真实性的材料；
  • 增值税申报时按开票金额确认收入，企业所得税按权责发生制确认收入（若符合条件）；
  • 避免“滞后申报”或“少报收入”，否则可能构成偷税。

2. 违法风险：无真实业务的“空壳开票”

• 核心逻辑：若公司无实际经营，仅通过注册空壳公司、虚构交易开具发票并纳税，即使足额缴税，仍涉嫌虚开发票罪（《刑法》第205条）。
• 风险点：
  • 虚开发票包括“为他人虚开”“为自己虚开”“让他人为自己虚开”“介绍他人虚开”；
  • 税务机关可能通过资金流、货物流、发票流“三流不一致”判定业务虚假；
  • 即使未造成税款损失，也可能面临行政处罚（罚款、停供发票）或刑事责任。

3. 灰色地带：“代开发票”的合规边界

• 核心逻辑：若公司为他人“代开”发票（如无资质企业通过有资质公司开票），即使收取手续费并纳税，仍可能被认定为非法代开（《发票管理办法》第22条）。
• 合规建议：
  • 避免为非关联方代开发票；
  • 若需委托开票，应通过税务机关代开或依法成立分支机构。

4. 税务合规建议

• 业务真实性：确保开票与实际交易一致，避免“票货分离”；
• 税务申报：按期申报增值税、企业所得税，避免“以票控税”思维；
• 风险隔离：若存在“开票需求”，建议通过合法业务模式（如委托加工、居间服务）实现，而非单纯开票。

总结：开票与纳税的合法性取决于业务实质。若存在真实交易且合规申报，合法；若虚构业务或非法代开，即使纳税也违法。如有具体业务模式需评估，可直接向我咨询。