针对您提出的“员工偷开普通发票怎么处理”的问题，这涉及到发票管理的法规以及企业内部的财务管理制度。以下是我为您提供的详细解答：

首先，从法规层面来看，偷开发票属于违反《中华人民共和国发票管理办法》的行为。根据该办法的相关规定，虚开发票（包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票）是明确禁止的。对于此类行为，税务机关有权没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以相应的罚款。若虚开金额较大或情节严重，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

针对您企业内部的员工偷开发票行为，我建议您采取以下措施：

1. 内部调查：

   • 立即启动内部调查程序，查明偷开发票的具体情况，包括涉及的员工、发票的种类和数量、以及偷开的金额等。
   • 收集相关证据，如发票复印件、交易记录、员工陈述等，以便后续处理。

2. 员工处理：

   • 根据调查结果，对涉事员工进行严肃处理。这可能包括警告、罚款、解雇等，具体取决于偷开行为的严重程度和企业的内部规定。
   • 若员工的行为构成犯罪，企业应立即向公安机关报案，并配合调查。

3. 税务申报与调整：

   • 对已偷开的发票，企业应尽快向税务机关申报并说明情况。
   • 根据税务机关的指导，进行相应的税务调整，如补缴税款、缴纳滞纳金和罚款等。

4. 加强内部管理：

   • 完善企业的发票管理制度，明确发票的开具、审核、保管等流程。
   • 加强对员工的发票管理培训，提高员工的法律意识和合规意识。
   • 定期进行内部审计，确保发票管理的合规性。

5. 与税务机关沟通：

   • 主动与税务机关沟通，说明情况并寻求指导。
   • 配合税务机关的调查和处理工作，确保企业的税务合规。

最后，我想强调的是，发票管理是企业财务管理的重要组成部分，也是税务合规的关键环节。企业应高度重视发票管理，加强内部管理，确保发票的合规性和真实性。同时，对于员工的违规行为，企业应坚决予以处理，以维护企业的声誉和利益。