结论：在未知怀孕情况下签署劳动解除协议但未办理离职手续，这一行为本身并不直接构成违法，但协议的效力及后续处理需根据具体情况判断。
一、协议效力分析
协议签订时的知情权：
- 劳动者在签订劳动解除协议时，若对怀孕这一关键事实并不知情，且该事实对协议内容（如经济补偿、离职时间等）有重大影响，劳动者在事后发现怀孕时，有权对协议的公平性提出质疑。
- 根据《民法典》的相关规定，若一方在订立合同时对重要事实存在重大误解，或合同显失公平，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同。
协议内容合法性：
- 劳动解除协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。
- 若协议中存在违法条款（如未支付法定经济补偿、限制劳动者再就业等），则该条款无效，但不影响其他合法条款的效力。
二、未办理离职手续的影响
劳动关系状态：
- 未办理离职手续并不意味着劳动关系自动解除。劳动关系的解除需以双方达成一致或符合法定解除条件为准。
- 若劳动者未办理离职手续且继续提供劳动，用人单位也未提出异议，则双方劳动关系可能继续存在。
后续处理建议：
- 劳动者在发现怀孕后，应及时与用人单位沟通，说明情况，并协商调整协议内容或重新签订协议。
- 若协商无果，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，请求确认协议效力或变更协议内容。
三、法律建议
保留证据：
- 劳动者应保留与用人单位签订的劳动解除协议、工资单、工作证等相关证据，以备不时之需。
及时咨询：
- 劳动者在遇到此类问题时，应及时咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律后果。
合法维权：
- 若用人单位存在违法行为（如未支付经济补偿、违法解除劳动关系等），劳动者可依法向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自身合法权益。
总结：在未知怀孕情况下签署劳动解除协议但未办理离职手续，并不直接构成违法。但协议的效力及后续处理需根据具体情况判断。劳动者在遇到此类问题时，应及时咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律后果，并依法维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。