针对您提出的“医保机关对超两年违法行为未被发现行政裁量如何行政处罚”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、法律依据与原则
首先，我们需要明确的是，医保机关在行政处罚时，必须遵循《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的规定。这些法律为行政处罚提供了基本的框架和原则，包括合法、合理、公开、公平、公正等。在医疗保障行政领域，这些原则同样适用，以确保行政处罚的公正性和合理性。
二、超两年违法行为的处理原则
根据《中华人民共和国行政处罚法》以及医疗保障行政系统的相关规定，违法行为在两年内未被发现的，一般不再给予行政处罚。这一原则体现了法律对时效性的要求，即行政机关应在一定期限内发现并处理违法行为，以维护法律的权威性和稳定性。然而，也需要注意到，涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限可能延长至五年，这是法律对特定领域违法行为的特殊规定。
三、行政裁量的具体应用
在医保机关对超两年违法行为进行行政裁量时，应综合考虑以下因素：
违法行为的事实、性质、情节：这些因素是判断违法行为严重程度的重要依据。例如，违法行为的持续时间、涉及金额、是否造成实际危害等。
社会危害程度：医保基金的安全直接关系到广大参保人员的切身利益。因此，在行政裁量时，应充分考虑违法行为对社会、对参保人员造成的危害程度。
法律、法规、规章的规定：医保机关在行政裁量时，必须严格遵守法律、法规、规章的规定，不得超越法定权限或违反法定程序。
四、特殊情况的处理
虽然一般情况下，超两年的违法行为不再给予行政处罚，但也存在一些特殊情况。例如：
法律另有规定的除外：如果法律对超两年违法行为的处罚有特别规定，那么医保机关应按照这些特别规定进行处理。
涉及重大公共利益或严重危害后果：在某些极端情况下，即使违法行为已超过两年，但如果其涉及重大公共利益或造成了严重危害后果，医保机关仍可能根据相关法律法规进行处罚。不过，这种情况较为罕见，且需要严格的法律程序和证据支持。
五、结论与建议
综上所述，医保机关对超两年违法行为未被发现的行政裁量，一般遵循“违法行为在两年内未被发现的，不再给予行政处罚”的原则。但在涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的特殊情况下，可能延长至五年。在实际操作中，医保机关应综合考虑违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度等因素，严格遵守法律、法规、规章的规定进行行政裁量。
如果您或他人遇到了具体的医保违法行为问题，建议及时向当地医保机关咨询或举报，以便得到及时、有效的处理。同时，也希望广大参保人员能够增强法律意识，共同维护医保基金的安全和有效使用。