医疗机构超范围执业超过两年，将面临行政处罚、民事赔偿以及可能的刑事责任，具体处罚措施需结合违法情节严重程度判定。以下从不同法律维度展开分析：

一、行政处罚：依据《医疗机构管理条例》及《基本医疗卫生与健康促进法》

1. 核心处罚依据
   根据《医疗机构管理条例》第四十六条，医疗机构超出登记范围执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令改正，没收违法所得，并处1万元以上10万元以下罚款；情节严重的，吊销《医疗机构执业许可证》或责令停止执业活动。
   若超范围执业涉及使用非卫生技术人员或出具虚假证明文件等情形，处罚将叠加（如《医疗机构管理条例》第四十七条、第四十八条）。

2. “情节严重”的认定标准

   • 违法执业时间超过两年（属于长期违法）；
     
   • 造成患者人身损害或重大社会影响；
     
   • 多次被处罚仍不改正；
     
   • 执业范围与登记范围差异显著（如无产科资质却开展剖宫产手术）。
     若符合上述情形，吊销许可证或责令停业的可能性极高。

二、民事赔偿：依据《民法典》侵权责任编

1. 患者索赔依据
   若超范围执业导致患者人身损害（如误诊、手术失误），医疗机构需承担医疗损害赔偿责任。患者可主张医疗费、误工费、残疾赔偿金等，赔偿金额需通过司法鉴定确定过错参与度。

2. 举证责任分配
   患者需证明：

   • 医疗机构存在超范围执业行为；
     
   • 自身损害与超范围执业存在因果关系。
     医疗机构若无法证明自身无过错（如未尽到与诊疗水平相应的义务），将承担不利后果。

三、刑事责任：依据《刑法》第三百三十六条

1. 医疗事故罪的构成要件
   若超范围执业行为导致患者死亡或重度残疾，且医务人员存在严重不负责任情形（如违反诊疗规范、擅离职守），可能构成医疗事故罪，处三年以下有期徒刑或拘役。

2. 关键认定点

   • 主观上需为过失（非故意）；
     
   • 客观上需造成严重后果；
     
   • 行为与后果需存在直接因果关系。
     若超范围执业仅导致轻微损害，一般不触发刑事责任。

四、实务建议

1. 对医疗机构：立即停止超范围执业行为，主动向卫生行政部门报告并整改；若已面临处罚，可申请听证或行政复议，但需在法定期限内提出。
   
2. 对患者：保存病历、缴费凭证等证据，优先通过医疗纠纷调解委员会协商；若协商无果，可向法院起诉并申请医疗损害鉴定。
   

提示：超范围执业的处罚力度与违法情节、后果严重程度直接相关，建议医疗机构定期自查执业范围，患者若遭遇此类纠纷可进一步向我咨询具体维权策略。