交叉执行申请书中指定法院是有效的，但需遵循法定程序和条件。以下是对此问题的详细分析：
一、交叉执行的法律依据
交叉执行的法律依据主要来源于《民事诉讼法》（2023年修正）第二百三十七条，该条规定：“人民法院自收到申请执行书之日起超过六个月未执行的，申请执行人可以向上一级人民法院申请执行。上一级人民法院经审查，可以责令原人民法院在一定期限内执行，也可以决定由本院执行或者指令其他人民法院执行”。这一条款为交叉执行提供了明确的法律支持，使得在特定情况下，申请执行人可以通过指定其他法院来执行案件。
二、交叉执行的方式与指定法院
交叉执行包括多种方式，如督促执行、提级执行、协同执行、集中执行和事项交叉执行等。其中，指定执行是交叉执行的一种重要方式，它允许上一级人民法院在审查后，决定由本院执行或者指令其他人民法院执行。这意味着，在交叉执行申请书中，申请执行人可以提出指定其他法院执行的请求，且这一请求在符合法定条件的情况下是有效的。
三、指定法院的有效条件
原法院未能在法定期限内执行：根据《民事诉讼法》的规定，只有当原法院自收到申请执行书之日起超过六个月未执行时，申请执行人才能向上一级人民法院申请交叉执行。
上一级人民法院的审查与决定：上一级人民法院在收到申请后，会进行审查。如果认为原法院确实存在未能在法定期限内执行的情况，且指定其他法院执行更为适宜，那么上一级人民法院可以决定由本院执行或者指令其他人民法院执行。
遵循法定程序：在指定法院执行的过程中，必须严格遵循法定程序。这包括申请执行的提出、审查、决定以及执行过程中的各项程序要求。
四、实际操作中的注意事项
确保申请书的合法性与合规性：在撰写交叉执行申请书时，申请执行人应确保申请书的合法性与合规性，明确提出指定其他法院执行的请求，并附上相关证据材料。
与上一级人民法院保持沟通：在申请过程中，申请执行人应与上一级人民法院保持密切沟通，及时了解审查进展和决定结果。
尊重并执行法院的决定：无论上一级人民法院决定由本院执行还是指令其他人民法院执行，申请执行人都应尊重并执行法院的决定，积极配合执行工作。
如有任何关于交叉执行或指定法院执行的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。