在交通事故司法鉴定中，若第一次鉴定结果有效而第二次鉴定未通过，这通常涉及多个方面的考量，不能简单地以某一次鉴定结果为准。以下是对此问题的详细分析：

一、鉴定机构资质与权威性

1. 首次鉴定机构：如果首次鉴定机构具备合法资质和权威性，且鉴定过程符合法定程序，那么其鉴定结果通常具有较高的公信力。
2. 二次鉴定机构：若二次鉴定机构在资质或权威性上存在问题，或者其鉴定过程存在瑕疵，那么其鉴定结果可能不被采纳。这可能是第二次鉴定“未通过”的一个重要原因。

二、鉴定程序合法性

1. 首次鉴定程序：首次鉴定若严格遵循了法定程序，包括鉴定人的资格、鉴定方法的科学性、鉴定材料的真实性等，那么其结果更具可信度。
2. 二次鉴定程序：若二次鉴定在程序上存在违法情形，如鉴定人徇私舞弊、鉴定方法不科学、鉴定材料不真实等，那么其鉴定结果可能被视为无效。这也是导致第二次鉴定未通过的可能因素。

三、鉴定结论合理性

1. 首次鉴定结论：首次鉴定结论若基于充分的证据和科学的分析得出，具有合理性和说服力，那么它更可能被采纳。
2. 二次鉴定结论：若二次鉴定结论与事实明显不符，或缺乏科学依据，或存在逻辑上的矛盾，那么其可信度将受到质疑，从而可能导致“未通过”。

四、当事人申请与证据提供

1. 申请重新鉴定的条件：当事人对首次鉴定结果有异议时，可以申请重新鉴定。但申请重新鉴定需要符合一定的条件，如提供新的证据、证明首次鉴定存在错误或瑕疵等。
2. 证据提供的重要性：若当事人在申请二次鉴定时未能提供充分的证据支持自己的主张，或者提供的证据不足以推翻首次鉴定结论，那么二次鉴定可能难以获得通过。

五、实际操作建议

1. 选择权威鉴定机构：当事人在面对交通事故司法鉴定时，应选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构，以确保鉴定结果的准确性和公正性。
2. 及时申请重新鉴定：如对鉴定结果有异议，应及时申请重新鉴定，并提供充分的证据支持自己的主张。
3. 尊重法律程序：在整个过程中，保持冷静和理性，尊重法律程序和司法判决的结果。

若您遇到交通事故司法鉴定中第二次鉴定未通过的情况，建议您首先审查二次鉴定机构的资质、鉴定程序的合法性以及鉴定结论的合理性。同时，回顾自己在申请二次鉴定时是否提供了充分的证据。如有需要，您可以进一步向我咨询，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。