酒店未入住不退全款，而是扣除20%的费用是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、法律层面
合同违约责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在酒店预订的情境中，如果顾客因自身原因未能按时入住且未提前通知酒店取消或变更预订，可能构成违约行为。但法律并未明确规定酒店必须全额退款或不得收取任何费用，退款政策的具体内容通常由酒店根据自身经营情况和市场规则制定。
格式条款的效力：
- 如果酒店在其预订条款中明确规定了“未入住不退全款，但可扣除一定比例费用”的条款，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款可能对双方具有约束力。但需要注意的是，如果酒店未以合理方式提示顾客注意该条款，或者该条款存在显失公平的情况，顾客有权主张该条款无效。
二、合同约定层面
预订条款的审查：
- 在预订酒店时，顾客应仔细阅读并理解酒店的预订条款，特别是关于退款政策、取消条款的内容。如果顾客在预订时同意了酒店的退款政策（如“未入住可扣除20%费用”），则酒店有权按照约定执行。
协商与沟通：
- 如果顾客因特殊原因（如突发疾病、自然灾害等）未能按时入住，可以与酒店协商退款事宜。酒店可能会根据具体情况考虑给予部分退款或全额退款，但这并非法定义务，而是基于商业考量和顾客关系的维护。
三、实际操作与行业惯例
行业惯例：
- 在酒店行业中，为了平衡顾客权益和酒店利益，通常会设定一定的退款政策和取消条款。这些政策可能包括免费取消期限、部分退款比例、全额不可退等。不同的酒店和预订平台可能有不同的退款政策，具体取决于其经营策略和市场定位。
实际操作建议：
- 在实际操作中，如果顾客对酒店的退款政策有异议，可以先尝试与酒店进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，顾客还可以向消费者协会或相关机构寻求帮助和支持。
四、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如果顾客因不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）无法按时入住，且能够提供相关证明文件，酒店可能会考虑给予全额退款或延期入住的优惠。
酒店过错：
- 如果酒店存在过错导致顾客无法入住（如房间设施故障、服务失误等），顾客有权要求酒店承担违约责任并退还已支付的款项。
建议：在预订酒店时，顾客应仔细阅读并理解酒店的预订条款，特别是关于退款政策的内容。如果因特殊原因无法按时入住，应及时与酒店沟通协商，寻求解决方案。如果对酒店的退款政策有异议或认为酒店存在过错，可以寻求消费者协会或相关机构的帮助和支持。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询。