关于公司租赁员工车辆保修费由谁承担的问题，这主要取决于租赁合同的约定以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：
合同有明确约定：
- 如果租赁合同中明确规定了车辆保修费的承担方，那么双方应当按照合同约定来执行。例如，合同可能规定保修费由公司承担，或者由员工承担，亦或是双方按一定比例分担。在这种情况下，合同条款是解决争议的主要依据。
合同无明确约定：
- 根据法律规定推断：在缺乏明确合同约定的情况下，我们需要参考相关法律法规来推断保修费的承担方。一般来说，车辆保修费可能被视为车辆使用过程中的正常维护费用。如果车辆是因正常使用而产生的保修需求，且没有明确的合同约定，那么根据公平原则和交易习惯，这部分费用可能由车辆的使用方（即公司）来承担，因为公司是车辆的实际使用者和受益者。
- 考虑车辆所有权与使用权分离：在员工将车辆租赁给公司使用的情况下，车辆的所有权仍属于员工，但使用权已转移给公司。如果保修是由于公司使用不当或疏忽造成的，那么公司应当承担相应的保修费用。反之，如果保修是由于车辆本身的质量问题或自然损耗造成的，且没有明确的合同约定，那么可能需要双方协商解决，或者根据具体情况判断责任方。
特殊情况下的处理：
- 员工故意或重大过失：如果车辆保修是由于员工的故意行为或重大过失造成的，例如员工未按照车辆使用说明书进行操作，导致车辆损坏，那么员工应当承担相应的保修费用。
- 公司不当使用：如果公司在使用车辆过程中存在不当行为，如超载、违规驾驶等，导致车辆需要保修，那么公司应当承担这部分费用。
法律建议：
- 在签订租赁合同时，双方应当明确约定车辆保修费的承担方，以避免后续争议。
- 如果合同中没有明确约定，双方应当根据实际情况和公平原则进行协商，寻求合理的解决方案。
- 如果协商无果，双方可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
可能后果：
- 如果双方无法就保修费的承担达成一致，可能会导致租赁合同无法继续履行，甚至引发法律纠纷。
- 在法律纠纷中，如果一方被判定承担保修费用而拒不履行，可能会面临法律制裁，如被强制执行、支付违约金等。
因此，建议双方在签订租赁合同时就明确约定车辆保修费的承担方，以避免不必要的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。