房屋合同中约定的90日整改期内的物业费，一般应由开发商承担，而非买受人（业主）。这一结论主要基于房屋质量问题整改的责任归属以及相关法律法规的规定，以下从不同角度为您详细分析：
一、开发商责任导致的整改
情形说明：
- 若房屋因质量问题（如墙体渗漏、裂缝、钢筋外露、下水口问题等）在保修期内需要开发商整改修复，且整改期在合同约定的90日内，那么此期间的物业费应由开发商承担。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”开发商未能在约定时间内交付符合质量标准的房屋，构成违约，应承担由此产生的费用，包括整改期间的物业费。
- 《物业管理条例》第四十一条规定：“已竣工但尚未出售或者尚未交给物业买受人的物业，物业服务费用由建设单位交纳。”在新房整改期间，房屋尚未实际交付给买受人，因此物业费应由开发商（建设单位）承担。
实际操作建议：
- 业主应及时向开发商提出书面整改要求，并保留相关证据（如整改通知、照片、视频等）。
- 若开发商拒绝承担整改期间的物业费，业主可以再次与开发商进行协商，明确指出合同主条款的约定，强调其应承担整改期间的物业费。
- 协商不成时，业主可以向当地的住房和城乡建设部门投诉，反映开发商的违约行为，请求主管部门介入协调。
- 若仍无法解决，业主可以考虑通过法律诉讼来维护自己的合法权益。
二、业主自身原因导致的整改（虽不常见，但为全面分析需提及）
情形说明：
- 若整改是由于业主自行装修导致的问题或违反物业管理规定进行的改造需整改，那么此期间的物业费应由业主自行承担。
法律依据：
- 业主与物业公司签订的物业服务合同基于业主对房屋的使用和享受物业服务的权利义务关系。业主自身原因导致的整改不影响物业公司按合同约定提供公共区域服务，因此业主需按合同约定支付物业费。
实际操作建议：
- 业主应按时足额支付整改期间的物业费，避免产生不必要的法律纠纷。
三、特殊情况的处理
不可抗力因素：
- 如自然灾害等不可归责于双方的原因导致的整改，物业费仍应由业主按合同约定正常支付。因为物业公司在这些情况下无过错，且仍在提供基本物业服务。
合同条款的冲突：
- 若商品房合同附件条款与主合同条款存在冲突（如附件条款约定不得以房屋质量问题拒绝收房默认视为收房，而主合同条款约定房屋质量问题需90日内负责修复并完成后再行交付），应以主合同条款为准。因为主合同条款通常更具体、更直接地涉及双方的核心权利义务。
总结与建议：在房屋合同约定的90日整改期内，若因开发商责任导致需要整改，那么此期间的物业费应由开发商承担。业主应保留相关证据，通过协商、投诉或法律诉讼等途径维护自己的合法权益。若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。