违规经商办企业、持有非上市公司股份以及为亲友牟利所涉及的违纪款，一般情况下是需要追缴的。以下从不同角度进行详细分析：
一、违规经商办企业与持有非上市公司股份
违规性质：
- 公务员或特定公职人员违规经商办企业、持有非上市公司股份，通常违反了公职人员的廉洁纪律和职业操守。这些行为可能利用公职人员的职权或影响力，为个人或关联企业谋取不正当利益，损害公共利益。
违纪款追缴：
- 一旦发现此类违规行为，相关部门会进行调查核实。如果确认存在违纪行为，并且涉及非法所得或不当利益，那么这些违纪款通常会被追缴。追缴的目的是恢复公共利益的损失，维护公平正义。
法律依据：
- 具体的追缴程序和法律依据可能因地区和具体违规情况而异。但一般来说，这涉及到《中华人民共和国公务员法》、《中国共产党纪律处分条例》等相关法律法规的规定。
二、为亲友牟利
违规性质：
- 为亲友牟利，特别是利用公职人员的职权或影响力为亲友谋取不正当利益，同样违反了公职人员的廉洁纪律。这种行为可能损害公共利益，破坏市场公平竞争环境。
违纪款追缴：
- 如果为亲友牟利的行为被证实，并且涉及非法所得或不当利益，那么这些违纪款同样会被追缴。追缴的目的是消除不正当利益的影响，恢复市场公平竞争。
具体情形与处理：
- 直接利益输送：如果公职人员直接将公共资源或利益输送给亲友，那么这些输送的利益无疑需要被追缴。
- 间接利益影响：即使公职人员没有直接输送利益，但其行为对亲友的商业活动产生了不正当影响，导致亲友获得了不应得的利益，那么这些利益也可能被视为违纪款并需要追缴。
- 处理程序：追缴违纪款通常需要通过正式的调查程序来确认违规行为和违纪款的数额。一旦确认，相关部门会依法进行追缴，并可能对违规人员给予相应的纪律处分。
三、综合建议与风险提示
合规经营：
- 对于公职人员而言，应严格遵守廉洁纪律和职业操守，避免违规经商办企业、持有非上市公司股份以及为亲友牟利等行为。
主动申报与纠正：
- 如果发现自己存在上述违规行为，应主动向相关部门申报并纠正。主动申报和纠正可能有助于减轻纪律处分和法律责任。
法律风险防范：
- 公职人员应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规和纪律规定。同时，应定期接受廉政教育和培训，提高廉洁自律能力。
配合调查与处理：
- 如果相关部门对违规行为进行调查，公职人员应积极配合调查工作，如实提供情况和证据。同时，应尊重调查结果和处理决定，并按照要求进行整改和纠正。
在实际操作中，如果涉及具体的违纪款追缴问题，建议及时咨询并配合相关部门的调查和处理工作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，也可以直接向我咨询。