关于甲方双方签订的转让协议中，乙方签名进行涂改后是否具有法律效力的问题，这并非一个简单的“是”或“否”可以回答，而是需要根据涂改的具体情况、双方当事人的真实意愿以及相关法律法规来进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 涂改的性质与影响：

   • 无意涂改：如果涂改是由于笔误、书写错误等无意行为造成的，且涂改内容并不影响协议的整体意思表示和双方当事人的真实意愿，那么这种涂改可能不会对协议的法律效力产生实质性影响。但为了避免后续纠纷，建议双方当事人在涂改处签字或盖章确认。
   • 有意涂改：如果涂改是出于一方当事人的故意行为，旨在改变协议的原意或损害另一方的利益，那么这种涂改很可能被视为无效。因为根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为应当是当事人的真实意思表示，且不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。

2. 双方当事人的真实意愿：

   • 协议的法律效力取决于双方当事人的真实意愿。如果涂改后的协议内容仍然反映了双方当事人的真实意思表示，且没有违反法律法规的强制性规定或公序良俗，那么涂改后的协议可能仍然具有法律效力。
   • 然而，如果涂改导致协议内容模糊不清或存在歧义，或者涂改后的内容与双方当事人的真实意愿不符，那么这种涂改很可能导致协议的部分或全部无效。

3. 法律程序与证据：

   • 在处理涂改问题时，法律程序和证据的收集至关重要。如果双方对涂改有争议，可能需要通过诉讼或仲裁等方式来解决。
   • 在此过程中，涂改的证据（如涂改前后的协议文本、双方当事人的陈述、证人证言等）将起到关键作用。如果一方能够提供充分的证据证明涂改是无效的或违反了其真实意愿，那么法院或仲裁机构可能会认定涂改无效。

4. 建议与措施：

   • 避免涂改：为了减少纠纷和风险，建议双方当事人在签订协议时仔细核对内容，确保无误后再签字盖章。
   • 涂改确认：如果确实需要涂改，建议双方当事人在涂改处签字或盖章确认，并注明涂改的原因和日期。
   • 法律咨询：在处理涉及涂改的协议问题时，建议咨询专业律师以获取法律意见和帮助。

如果转让协议中的乙方签名被涂改，且涂改导致协议内容模糊不清、存在歧义或违反了双方当事人的真实意愿，那么这种涂改很可能导致协议的部分或全部无效。因此，在处理此类问题时，请务必谨慎对待并咨询专业律师的意见。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。