交通运输部门在特定情形下可以处罚物流快递企业。具体分析如下：

1. 依据相关法律法规
   根据《中华人民共和国邮政法》《快递暂行条例》及《道路运输条例》等规定，交通运输部门（含邮政管理部门）对物流快递企业具有行政监管权。例如：

   • 超范围经营：若企业未取得快递业务经营许可从事快递活动，交通运输部门可依据《邮政法》第七十二条责令改正，没收违法所得，并处五万元以上十万元以下罚款。
     
   • 违反运输安全规定：如未按规定对货物进行安全检查或运输违禁品，可依据《安全生产法》或《危险化学品安全管理条例》处罚。
     
   • 违规收费或服务标准不达标：违反《快递服务标准》中关于时效、投递方式等规定的，可能面临警告、罚款等处罚。

2. 处罚主体与权限划分

   • 邮政管理部门：负责快递业务经营许可、服务质量监管及安全检查，可直接处罚违规企业。
     
   • 交通运输主管部门：对涉及道路运输的物流企业（如普通货运、冷链运输等），可依据《道路运输条例》对超载、非法改装车辆等行为处罚。
     
   • 联合执法情形：若企业行为同时违反邮政与运输法规（如未许可经营且超载），可能由两部门联合处罚。

3. 典型处罚案例

   • 某快递公司因未落实实名收寄制度，被邮政管理部门依据《反恐主义法》第八十五条罚款十万元。
     
   • 某物流企业因货车超限运输，被交通执法部门依据《公路安全保护条例》第六十四条责令卸载，并处三万元罚款。

建议：物流快递企业应定期自查经营资质、运输安全及服务合规性。若收到处罚决定，需在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。