劳动关系存续期间克扣工资，劳动者申请仲裁的时效问题，结论前置如下：

1. 一般情况下，克扣工资的仲裁时效为一年。这一年的计算起点是劳动者知道或者应当知道其权利被侵害之日。例如，若用人单位在某个月无故克扣了劳动者工资，且劳动者在当月即知晓此事，那么他应在接下来的一年内提出仲裁申请。

2. 但在劳动关系存续期间，因拖欠劳动报酬（包括克扣工资）发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制。这意味着，只要劳动者还在职，与用人单位的劳动关系仍然存续，他就可以随时就克扣工资的问题申请仲裁，不受上述一年时效的限制。

3. 然而，一旦劳动关系终止，劳动者就应当自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。例如，若劳动者与用人单位的劳动关系在某个月终止，那么他应在接下来的这一年内，就克扣工资的问题申请仲裁。若超过这个时效，劳动者的权利可能因法律程序的限制而难以得到有效保护。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，但劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的除外。这一规定旨在保护劳动者的合法权益，确保他们在被克扣工资时能够及时维权。

• 建议：

  • 及时保存证据：劳动者在发现被克扣工资后，应及时保存相关证据，如工资条、工资发放记录、与用人单位的沟通记录等。这些证据将在后续的仲裁或诉讼中起到关键作用。
  • 在时效期内申请仲裁：劳动者应在知道或应当知道权利被侵害之日起的一年内（或劳动关系终止后的一年内）提出仲裁申请，以确保自身权益得到有效维护。
  • 了解时效中断与中止的规定：在仲裁时效期间内，若劳动者向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济，或用人单位同意履行义务，仲裁时效会中断并重新计算。同时，若因不可抗力或其他正当理由导致劳动者无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效会中止。劳动者应了解并掌握这些规定，以便在必要时维护自己的权益。

可能的法律后果：

• 若劳动者未在时效期内提出仲裁申请，其权利可能因法律程序的限制而难以得到有效保护。这意味着，即使劳动者后来发现了被克扣工资的事实，也可能因为超过了时效期而无法通过法律途径追讨。

• 若劳动者在时效期内提出了仲裁申请，但未能提供充分的证据支持其主张，也可能面临仲裁请求被驳回的风险。因此，劳动者在申请仲裁前应充分准备证据材料，确保自己的主张有充分的依据。

综上所述，劳动关系存续期间克扣工资，劳动者申请仲裁的时效问题需根据具体情况来判断。劳动者应了解并遵循相关的时效规定，及时保存证据并在时效期内提出仲裁申请，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。