单位施工协议并非必然由采购部门签订，其签订部门需根据单位内部管理架构、协议性质及法律规定综合确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、单位内部管理架构的影响
部门职责划分：
- 在许多单位中，采购部门主要负责物资采购，而施工协议往往涉及工程承包、施工管理等内容，这些可能更偏向于工程部门或项目部门的职责范围。
- 如果单位内部有明确的职责划分，且施工协议不属于采购部门的常规职责，那么由采购部门签订施工协议可能并不合适。
授权与委托：
- 即使采购部门不直接负责施工协议，单位也可能通过内部授权或委托的方式，让采购部门代表单位签订施工协议。
- 在这种情况下，采购部门签订施工协议的行为是基于单位的明确授权，其法律效力不受影响。
二、协议性质的影响
施工协议的内容：
- 施工协议通常涉及工程承包、施工管理、质量保证、工期安排等多个方面，这些内容与采购部门的常规业务可能存在较大差异。
- 如果施工协议的内容更侧重于工程实施和管理，那么由工程部门或项目部门签订可能更为合适。
协议的法律性质：
- 施工协议属于建设工程合同范畴，其签订和履行需遵守《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的规定。
- 无论由哪个部门签订，都需确保协议内容合法、合规，且符合单位利益。
三、法律规定的影响
合同签订的主体：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同签订的主体需具备相应的民事权利能力和民事行为能力。
- 在单位内部，哪个部门具备签订施工协议的资格，需根据单位的组织架构和授权情况来确定。
合同效力的认定：
- 无论由哪个部门签订施工协议，只要协议内容合法、合规，且签订主体具备相应的资格和授权，那么该协议即具有法律效力。
- 如果签订主体不具备相应的资格或授权，或者协议内容存在违法、违规情况，那么该协议可能被认定为无效。
四、实际操作建议
明确部门职责：
- 单位应明确各部门在施工协议签订过程中的职责和权限，避免出现职责不清、权限不明的情况。
完善授权机制：
- 如果需要由采购部门或其他非工程部门签订施工协议，单位应完善内部授权机制，确保签订行为具有合法性和有效性。
加强法律审查：
- 在签订施工协议前，单位应加强法律审查，确保协议内容合法、合规，且符合单位利益。如有需要，可咨询专业律师进行法律把关。
如有关于单位施工协议签订的具体法律问题，可直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。