结论：老公有已去世父母的房产公证书但未过户，离婚时协议归您，该协议在符合一定条件下是合法的，但协议的履行可能面临一定挑战。
一、协议合法性分析
协议本身合法性：
- 离婚协议是双方自愿、平等协商的结果，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。
- 在您的情况下，如果离婚协议中明确约定了房产归您所有，且该约定是双方真实意思的表示，那么该协议在形式上就是合法的。
房产过户问题：
- 房产公证书只是证明了房产的继承权或相关权益，但并不意味着房产已经过户到老公名下。
- 如果房产尚未过户到老公名下，那么该房产在法律上仍属于已去世的父母（或其遗产继承人）的财产。
- 因此，离婚协议中约定房产归您所有，实际上是在约定一个尚未取得的财产权益，这可能会给协议的履行带来一定挑战。
二、协议履行挑战及应对策略
过户手续办理：
- 要使房产真正归您所有，必须办理房产过户手续。
- 如果房产尚未过户到老公名下，需要先办理继承手续，将房产过户到老公名下，然后再办理离婚后的房产过户手续。
- 如果老公不配合办理过户手续，您可以根据《民事诉讼法》的相关规定，向法院提起诉讼，要求法院判决老公履行过户义务。
法律风险防范：
- 在签订离婚协议时，应明确约定房产过户的时间、方式和违约责任等条款，以防范法律风险。
- 如果可能的话，可以在离婚协议中约定由老公先办理房产继承手续，将房产过户到自己名下后，再办理离婚和房产过户手续。
三、特殊情况考虑
房产存在其他继承人：
- 如果已去世的父母还有其他继承人（如其他子女），那么房产的继承可能涉及更多复杂的问题。
- 在这种情况下，需要确保所有继承人都同意房产的继承和过户事宜，否则可能会引发继承纠纷。
协议生效条件：
- 离婚协议生效的时间是在双方办理了离婚登记手续之后。
- 如果双方只是签订了离婚协议，但尚未办理离婚登记手续，那么该协议尚未生效，任何一方都有权反悔。
建议：在签订离婚协议时，务必确保协议内容明确、具体、合法，并考虑到可能面临的法律风险和挑战。如果遇到复杂情况或不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。