结论：进度款申请是否可以盖项目章，需结合合同约定、公司章程及实际授权情况综合判断，不可一概而论。具体分析如下：

1. 合同约定优先
   若施工合同或补充协议中明确约定“进度款申请需加盖公司公章或合同专用章”，则项目章（通常为项目部技术专用章或管理章）因不符合约定而无效。此时若单方面使用项目章，可能被发包方拒收或认定为未履行合同义务，甚至引发工期索赔纠纷。
   法律依据：《民法典》第490条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。盖章需符合合同约定形式。

2. 项目章的授权范围
   若公司通过内部文件（如《项目章使用管理办法》）授权项目部使用项目章签署“与工程进度、质量、安全相关的文件”，且该授权范围包含进度款申请，则项目章具有法律效力。但需注意：

   • 授权文件需明确项目章的具体权限（如“可签署500万元以下进度款申请”）；
     
   • 授权文件需向发包方备案或通过其他方式（如函件）告知，避免发包方以“未授权”为由拒付。
     风险提示：若项目章超范围使用（如签署结算协议），可能被认定为表见代理，公司需承担不利后果。

3. 表见代理的认定风险
   即使公司未明确授权项目章签署进度款申请，若发包方有理由相信项目部有代理权（如长期使用项目章办理进度款且公司未提出异议），可能构成表见代理。此时公司仍需承担付款责任，但可向项目部负责人追偿。
   判断标准：根据《民法典》第172条，需同时满足“行为人无代理权”“相对人有理由相信有代理权”“相对人善意且无过失”。

4. 实务建议

   • 优先使用合同约定章：若合同要求公章或合同专用章，务必按约定执行，避免纠纷；
     
   • 完善授权手续：如需使用项目章，应通过公司正式文件明确授权范围，并向发包方送达授权通知；
     
   • 留存证据：使用项目章时，同步留存授权文件、沟通记录等证据，证明发包方知晓授权情况。

总结：进度款申请能否盖项目章，核心在于“合同约定+授权明确”。若合同无特殊要求且公司授权清晰，项目章可正常使用；反之则存在法律风险。建议根据具体项目情况，结合上述要点审慎处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。