结论是：法院是否以三个自然人为对象追款，取决于借款合同的具体约定、借款的实际用途以及法律关系的认定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、借款合同主体与责任
共同借款人责任：
- 如果三人（包括夫妻两人）共同在借款合同上签字，作为共同借款人，那么法院在追款时，通常会以这三个自然人为对象。因为共同借款人之间对债务承担连带责任，债权人可以要求其中任何一人或多人承担全部债务。
单独借款人责任：
- 如果只有其中一人（或两人，非夫妻共同）在借款合同上签字，而另外两人（包括夫妻中的另一方）并未签字，那么法院在追款时，原则上只会以签字的借款人为对象。未签字的夫妻一方，除非能证明该债务用于夫妻共同生活、共同生产经营或者基于夫妻双方共同意思表示，否则一般不承担还款责任。
二、夫妻共同债务的认定
共同意思表示：
- 如果夫妻双方共同在借款合同上签字，或者夫妻一方事后追认该债务，那么该债务通常会被认定为夫妻共同债务。此时，法院在追款时，会以夫妻双方为对象。
用于夫妻共同生活或生产经营：
- 即使夫妻一方单独借款，但如果该债务用于夫妻共同生活、共同生产经营，或者基于夫妻双方共同意思表示（如通过其他方式表达共同借款意愿），那么该债务也可能被认定为夫妻共同债务。在这种情况下，法院在追款时，同样会以夫妻双方为对象。
超出家庭日常生活需要：
- 如果夫妻一方单独借款，且该债务明显超出家庭日常生活需要，且债权人不能证明该债务用于夫妻共同生活、共同生产经营或者基于夫妻双方共同意思表示，那么该债务通常不会被认定为夫妻共同债务。此时，法院在追款时，可能只会以借款的夫妻一方为对象。
三、法律建议与后果
审查借款合同：
- 借款人应仔细审查借款合同，明确合同中的借款主体、借款金额、借款用途以及还款责任等条款。这有助于确定在发生纠纷时，哪些人需要承担还款责任。
保留证据：
- 无论是借款人还是债权人，都应保留好与借款相关的证据，如借款合同、转账记录、聊天记录等。这些证据在发生纠纷时，将起到至关重要的作用。
法律后果：
- 如果被法院认定为共同借款人或夫妻共同债务人，那么将需要承担还款责任。如果拒不履行还款义务，可能会面临法院强制执行、列入失信被执行人名单等法律后果。
举例说明：假设甲、乙（夫妻）和丙三人共同向丁借款，并在借款合同上签字。那么，在发生纠纷时，丁可以要求甲、乙、丙三人中的任何一人或多人承担还款责任。但如果只有甲在借款合同上签字，而乙和丙并未签字，且丁不能证明该债务用于甲、乙夫妻共同生活或共同生产经营，那么丁通常只能要求甲承担还款责任。
总结：法院是否以三个自然人为对象追款，取决于借款合同的具体约定、借款的实际用途以及法律关系的认定。在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。